Căn cứ Luật Quản lý thuế, Luật thuế GTGT, Luật thuế TNDN, Luật thuế TTĐB và Điều 10 Thông tư 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ; Cục thuế hướng dẫn việc phân cấp cho Chi Cục thuế quản lý các chi nhánh phụ thuộc một số ngành như sau:

I/ Đối tượng, loại thuế phân cấp quản lý:

- Các chi nhánh, cửa hàng phụ thuộc (hạch toán độc lập và hạch toán phụ thuộc) trên địa bàn TP.HCM (gọi chung là chi nhánh) hoạt động kinh doanh dịch vụ ăn uống, nhà hàng, quán Bar, khách sạn, vũ trường, massage, karaoke thuộc các thành phần kinh tế hoạt động tại địa bàn quận/huyện nào sẽ do Chi Cục thuế Quận/Huyện đó quản lý, trừ các chi nhánh của các tổ chức hoạt động theo Luật Đầu tư Nước ngoài có trụ sở chính tại TP.HCM và các Tổng Công ty đã quản lý chặt chẽ mạng lưới hoạt động kinh doanh (như Tổng Công ty Du lịch,…) và các doanh nghiệp đặc thù như các đơn vị của tổ chức chính trị, vũ trang (Công an, Quân đội).

- Các loại thuế phân cấp: Thuế GTGT, thuế TTĐB, thuế Môn bài. Đối với các chi nhánh hạch toán độc lập phân cấp quản lý cả thuế TNDN và thuế TNCN.

II/ Đăng ký thuế các chi nhánh, cửa hàng phụ thuộc:

Doanh nghiệp có các chi nhánh hạch toán phụ thuộc, thuộc đối tượng trên có trách nhiệm đăng ký mã số thuế cho các cửa hàng, chi nhánh hạch toán phụ thuộc hoạt động trên địa bàn thành phố có địa chỉ kinh doanh khác Quận/Huyện với trụ sở chính của doanh nghiệp.

III/ Hóa đơn chứng từ:

- Đơn vị chính sử dụng hóa đơn trong các trường hợp xuất hàng cho các chi nhánh hạch toán phụ thuộc để làm cơ sở kê khai thuế đầu ra (đối với đơn vị chính) và kê khai thuế đầu vào (đối với chi nhánh) hoặc sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ và xuất hóa đơn cho cửa hàng chi nhánh hạch toán phụ thuộc trên số lượng thực xuất bán.

- Trường hợp các chi nhánh sử dụng chung mẫu hóa đơn của doanh nghiệp thì từng chi nhánh phải gửi Thông báo phát hành và báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Khi sử dụng để bán hàng, cung cấp dịch vụ chi nhánh đóng dấu hoặc ghi tên, mã số thuế, địa chỉ vào tiêu thức “tên, mã số thuế, địa chỉ người bán hàng”.

- Trường hợp Doanh nghiệp chính quyết định chi nhánh hạch toán phụ thuộc sử dụng mẫu hóa đơn riêng thì từng chi nhánh có trách nhiệm tạo, phát hành và báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo quy định của Bộ Tài chính tại Thông tư 153/2010/TT-BTC ngày 28/9/2010.

IV/ Kê khai thuế:

- Các chi nhánh kê khai thuế tại Chi cục thuế và nộp thuế qua chi nhánh kho bạc nhà nước nơi cửa hàng, chi nhánh đặt địa điểm kinh doanh.

- Doanh nghiệp chính không kê khai phần doanh thu và thuế GTGT, thuế TTĐB của các chi nhánh vào tờ khai thuế hàng tháng của doanh nghiệp.

- Doanh nghiệp chính kê khai, quyết toán thuế TNDN chung cho các chi nhánh hạch toán phụ thuộc bao gồm các khoản điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế TNDN trong các trường hợp chi nhánh bị xử lý ấn định thuế.

- Doanh nghiệp chính có trách nhiệm kê khai khoản chênh lệch giữa doanh thu ấn định và doanh thu trên hóa đơn vào chỉ tiêu doanh thu hoặc lợi nhuận trước thuế trên tờ khai tạm nộp thuế TNDN Quý và Quyết toán thuế TNDN năm.

• Khi kê khai tạm nộp Quý theo tỷ lệ thu nhập chịu thuế trên doanh thu (Mẫu số 01B/TNDN), chênh lệch giữa doanh thu ấn định và doanh thu trên hóa đơn được kê khai vào chỉ tiêu doanh thu.

• Khi kê khai tạm nộp Quý theo thu nhập thực tế phát sinh (Mẫu số 01A/TNDN), chênh lệch giữa doanh thu ấn định và doanh thu trên hóa đơn được kê khai vào chỉ tiêu “điều chỉnh tăng lợi nhuận theo pháp luật thuế”.

• Khi kê khai Quyết toán thuế năm, các khoản chênh lệch giữa doanh thu ấn định và doanh thu trên hóa đơn trong năm được kê khai mục B chỉ tiêu “các khoản điều chỉnh tăng doanh thu” hoặc chỉ tiêu “Các khoản điều chỉnh làm tăng lợi nhuận trước thuế khác”.

• Trường hợp Quyết định xử lý ban hành sau thời hạn nộp hồ sơ khai thuế TNDN thì Doanh nghiệp chính có trách nhiệm kê khai bổ sung.

V/ Phối hợp quản lý trong trường hợp xử lý ấn định thuế:

+ Trong trường hợp kiểm tra phát hiện đối tượng nộp thuế vi phạm phải xử lý ấn định thuế GTGT, thuế TTĐB thì cơ quan thuế quản lý các chi nhánh thông báo cho cơ quan thuế quản lý đơn vị chính về doanh số và thuế mà chi nhánh hạch toán phụ đã kê khai; Doanh số và số thuế đã ấn định để làm cơ sở xác định thu nhập chịu thuế cho toàn công ty khi Doanh nghiệp chính kê khai thuế TNDN quý hoặc quyết toán thuế TNDN năm.

+ Cơ quan thuế quản lý chi nhánh khi ấn định thuế sẽ thông báo bằng văn bản (trong đó có ghi rõ Doanh thu ấn định, Doanh thu kê khai) kèm theo quyết định xử lý cho cơ quan thuế quản lý thuế đơn vị chính và doanh nghiệp chính biết để điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế TNDN.

VI/ Tổ chức thực hiện:

+ Căn cứ danh sách phân cấp được Lãnh đạo Cục duyệt, đơn vị quản lý Doanh nghiệp chính thông báo cho các Doanh nghiệp về việc thay đổi cơ quan thuế quản lý đối với các chi nhánh trước ngày 31/12/2011 và hướng dẫn Doanh nghiệp liên hệ Trung tâm TH-XL-DL để đăng ký mã số thuế cho các chi nhánh.

+ Các Chi Cục thuế tiếp tục rà soát, kiểm tra các chi nhánh hoạt động trên địa bàn thuộc đối tượng phân cấp nhưng chưa được phân cấp báo cáo về Cục thuế (Phòng KK-KKT) để Cục Thuế xem xét phân cấp tiếp.

+ Trung tâm TH-XL-DL phối hợp với các Chi Cục thuế hướng dẫn Doanh nghiệp có chi nhánh thuộc các đối tượng trên lập thủ tục đăng ký mã số thuế trước ngày 20/01/2012.

+ Chi Cục thuế tiếp nhận, quản lý, hướng dẫn kê khai thuế và lập bộ thuế từ kỳ kê khai thuế tháng 01/01/2012 (Lập bộ tháng 02/2012).

+ Các chi nhánh phát sinh mới kinh doanh các ngành nghề trên do Chi Cục thuế quản lý kể từ ngày bắt đầu hoạt động kinh doanh.

Cục thuế yêu cầu các Phòng, Chi Cục thuế quận/huyện triển khai đúng nội dung trên. Trong quá trình thực hiện, nếu có phát sinh vướng mắc phải báo cáo về Cục thuế (Phòng TH-NV-DT) để có hướng dẫn giải quyết.