Trả lời công văn số 41/2014/JPT-HAN ngày 20/9/2014 của Chi nhánh Công ty cổ phần GNHH Jupiter Pacific tại Hà Nội (Công ty JPT) về việc kiến nghị Tổng cục Thuế cho phép Công ty được bù trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đã nộp vào NSNN với thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) bị truy thu qua thanh tra thuế. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại khoản 2, Điều 33 Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn:

"2. Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo thứ tự quy định sau:

a) Bù trừ tự động với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc còn phải nộp của cùng loại thuế. . .

b)Bù trừ tự động với số tiền phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo của từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) . . .

c) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo hướng dẫn tại điểm b khoản 1 Điều này và người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại điểm a khoản này sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại điểm a, điểm b khoản này mà vẫn còn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế trực tiếp quản lý để được giải quyết hoàn thuế theo hướng dẫn tại Chương VII Thông tư này. "

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, nếu Cục Thuế thành phố Hà Nội có đầy đủ căn cứ xác định số thuế TNCN đã nộp NSNN của Công ty JPT là nộp thừa thì xử lý bù trừ tự động với thuế TNCN phát sinh kỳ sau. Trường hợp Công ty JPT có yêu cầu hoàn thuế hoặc bù trừ số thuế TNCN nộp thừa (nêu trên) với thuế TNDN phát.sinh qua thanh tra thì Công ty phải gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế theo quy định.

Do khoản thuế TNCN được Cục Thuế thành phố Hà Nội xác định là nộp thừa của Công ty JPT về bản chất cùng là nghĩa vụ thuế đối với Ngân sách nhà nước. Vì vậy, đề nghị Cục Thuế thành phố Hà Nội không xử phạt chậm nộp đối với khoản thuế TNDN phát sinh tăng tương ứng qua thanh tra với số thuế TNCN Công ty JPT đã nộp thừa vào Ngân sách nhà nước.

Tổng cục Thuế thông báo để Công ty JPT biết. Đề nghị Công ty JPT liên hệ với Cục thuế thành phố Hà Nội để được hướng dẫn cụ thể.