Bộ Tài chính nhận được công văn số 7226/BGTVT-KHĐT ngày 15/10/2009 của Bộ Giao thông vận tải kiến nghị về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với dự án BOT cải tạo, nâng cấp quốc lộ 2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên của Công ty Cổ phần BOT quốc lộ 2. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Tại khoản 2 Điều 1 Chương 1 Quy chế đầu tư theo hình thức BOT áp dụng cho đầu tư trong nước ban hành kèm theo Nghị định số 77/CP ngày 18/6/1997 của Chính phủ quy định:

"Doanh nghiệp BOT là doanh nghiệp làm chủ đầu tư, tổ chức quản lý xây dựng và kinh doanh một hoặc một số dự án BOT

Doanh nghiệp BOT có thể là một doanh nghiệp đã được thành lập hợp pháp, đang hoạt động, không phân biệt thành phần kinh tế và loại hình tổ chức hoặc doanh nghiệp mới thành lập do những doanh nghiệp, cá nhân được chọn như quy định tại Chương 2 theo quy chế này".

Tại khoản 2 Điều 36 Chương VII Quy chế ban hành kèm theo Nghị định số 77/CP (nêu trên) quy định doanh nghiệp BOT được hưởng ưu đãi như sau: "Thuế lợi tức (thuế thu nhập doanh nghiệp) áp dụng mức thuế suất thấp nhất theo Luật thuế lợi tức (thuế thu nhập doanh nghiệp), thuế lợi tức được miễn trong 2 năm đầu và giảm 50% trong 4 năm tiếp theo kể từ khi dự án đưa vào khai thác có lãi".

Theo quy định tại Điều 35 Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2006 của Chính phủ quy định về thuế TNDN thì thuế suất thuế TNDN thấp nhất là 10%.

Tại khoản 12 Điều 36 Nghị định số 164/2003/NĐ-CP (nêu trên) quy định: "Được miễn 04 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp của 09 năm tiếp theo đối với CSKD mới thành lập từ dự án đầu tư thoe hình thức hợp đồng - kinh doanh - chuyển giao (BOT)... ".

Tại khoản 3 Điều 46 Nghị định số 24/2007/NĐ-CP quy định: "Cơ sở kinh doanh đang được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại các Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22 tháng 12 năm 2003, số 152/2004/NĐ-CP ngày 06 tháng 8 năm 2004 của Chính phủ và các quyết định của Thủ tướng Chính phủ ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại.".

Tại khoản 1 Điều 35 Nghị định số 78/2007/NĐ-CP ngày 11/5/2007 của Chính phủ về đầu tư theo hình thức hợp đồng xây dựng - kinh doanh - chuyển giao, hợp đồng xây dựng - chuyển giao - kinh doanh, hợp đồng xây dựng - chuyển giao quy định: "Doanh nghiệp BOT và doanh nghiệp BTO được hưởng ưu đãi thuế TNDN như quy định đối với Dự án thuộc danh mục lĩnh vực đặc biệt ưu đãi đầu tư. Ưu đãi về thuế suất thuế TNDN đối với các doanh nghiệp này được áp dụng trong toàn bộ thời gian thực hiện Dự án".

Theo quy định tại khoản 3 Điều 34, khoản 5 Điều 35 Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/2/2007 của Chính phủ quy định về thuế TNDN thì dự án thuộc lĩnh vực đặc biệt khuyến khích đầu tư được áp dụng thuế suất 10% (trong 15 năm), miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 4 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.

Tại khoản 5b Điều 20 Chương V Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế TNDN số 14/2008/QH12 quy định:

"Doanh nghiệp đang được hưởng thời gian miễn thuế, giảm thuế theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11 và các văn bản pháp luật của Chính phủ ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành, nhưng đến hết kỳ tính thuế 2008 nếu:

...

b) Đã có doanh thu nhưng chưa đủ 3 năm, kể từ khi có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư."

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty cổ phần BOT quốc lộ 2 triển khai thực hiện dự án cải tạo, nâng cấp quốc lộ 2 từ năm 2005 theo hình thức BOT, năm 2008 bắt đầu khai thác dự án thì dự án cải tạo, nâng cấp quốc lộ 2 này được hưởng ưu đãi thuế TNDN như sau: áp dụng thuế suất thuế TNDN 10% trong suốt thời gian thực hiện dự án, được miễn thuế TNDN 4 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo, trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

Trên đây là ý kiến của Bộ Tài chính về ưu đãi thuế TNDN đối với dự án BOT cải tạo, nâng cấp quốc lộ 2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên của Công ty Cổ phần BOT quốc lộ 2. Bộ Tài chính đề nghị Bộ Giao thông vận tải, Văn phòng Chính phủ tổng hợp, trình Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định./.