Căn cứ khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 ngày 20/11/2012 sửa đổi, bổ sung Điều 47 của Luật Quản lý thuế.

Căn cứ Điều 29 Nghị định 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ về việc quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế.

Căn cứ Điều 7 Thông tư số 150/2013/TT-BTC ngày 29/10/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về lập, quản lý và việc thực hiện từ quỹ hoàn thuế GTGT.

Căn cứ Điều 26 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Căn cứ Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi Thông tư 156/2013/TT-BTC, 111/2013/TT-BTC, 219/2013/TT-BTC, 08/2013/TT-BTC, 85/2011/TT-BTC, 39/2014/TT-BTC và 78/2014/TT-BTC để cải cách, đơn giản thủ tục hành chính về thuế.

Để thực hiện thống nhất việc xử lý thuế giá trị gia tăng (dưới đây gọi tắt là thuế GTGT) hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa, Bộ Tài chính hướng dẫn Các Cục Hải quan, các Cục Thuế tỉnh, thành phố thực hiện như sau:

1. Các trường hợp thuộc đối tượng được hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa:

- Hàng hóa nhập khẩu có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế trong thời hạn mười năm, kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì được hoàn trả số tiền chênh lệch giữa số tiền đã nộp và số tiền phải nộp.

- Hàng hóa đã nhập khẩu nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan thì được hoàn trả số tiền thuế GTGT đã nộp đối với số hàng hóa đã tái xuất;

- Hàng hóa đã xuất khẩu nhưng phải nhập khẩu trở lại (tờ khai nhập khẩu trước ngày 01/09/2014 - ngày có hiệu lực thi hành của Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính), nếu đã nộp thuế GTGT khi nhập khẩu trở lại thì được hoàn trả số tiền thuế GTGT đã nộp đó;

- Hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu quá thời hạn 275 ngày chưa có sản phẩm xuất khẩu, đã nộp thuế GTGT thì, sau khi xuất khẩu sản phẩm được hoàn trả số thuế GTGT đã nộp tương ứng với phần nguyên liệu, vật tư nhập khẩu cấu thành trong sản phẩm thực tế đã xuất khẩu.

2. Thủ tục xử lý tiền thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa:

Thực hiện theo quy định tại Khoản 2 Điều 29 Nghị định 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ về việc quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; khoản 3 Điều 26 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Việc hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa được thực hiện đồng thời với việc hoàn thuế nhập khẩu (nếu có).

3. Thẩm quyền hoàn trả thuế:

Cơ quan Hải quan thực hiện hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa cho doanh nghiệp đối với những tờ khai đăng ký từ ngày 01/01/2014 (Thời điểm Thông tư số 150/2013/TT-BTC có hiệu lực thi hành) trở đi và những tờ khai mà đến nay doanh nghiệp chưa kê khai, khấu trừ, hoàn thuế với cơ quan Thuế.

Trường hợp cơ quan Hải quan đã xác nhận số thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa khâu nhập khẩu và doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế với cơ quan Thuế thì không xử lý điều chỉnh khấu trừ và thu hồi hoàn thuế.

Bộ Tài chính thông báo để các đơn vị biết và thực hiện./.