Kính gửi: Kiểm toán Nhà nước khu vực I.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 83/KVI-TH ngày 20/3/2012 của Kiểm toán Nhà nước Khu vực I về xác định thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn, giảm đối với hoạt động kinh doanh hạ tầng Khu công nghiệp của Công ty Cổ phần Khai Sơn. Về vấn đề này, sau khi có báo cáo của Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh (công văn số 835/CT-KT2 ngày 11/4/2012), ý kiến trao đổi giữa các đơn vị thuộc Bộ Tài chính với Kiểm toán Nhà nước Khu vực I và báo cáo Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về ưu đãi thuế TNDN đối với Công ty Cổ phần Khai Sơn:

Công ty Cổ phần Khai Sơn được chuyển đổi từ Công ty TNHH Khai Sơn thành lập và hoạt động theo giấy phép kinh doanh số 2102000168 do Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Bắc Ninh cấp ngày 11/9/2001 với ngành nghề kinh doanh là: Xây dựng dân dụng và công nghiệp; sản xuất vật liệu xây dựng...; từ năm 2007 Công ty được UBND tỉnh Bắc Ninh phê duyệt Dự án đầu tư cơ sở hạ tầng Khu Công nghiệp Thuận Thành 3 và chuyển đổi thành Công ty Cổ phần Khai Sơn theo giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 2103000442 ngày 28/8/2008. Trường hợp Công ty Cổ phần Khai Sơn thực hiện dự án đầu tư cơ sở hạ tầng Khu Công nghiệp Thuận Thành 3 (Khu công nghiệp do Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập) là mở rộng ngành nghề kinh doanh thuộc Danh mục lĩnh vực đặc biệt ưu đãi đầu tư thì Công ty được áp dụng mức ưu đãi đối với thu nhập từ kinh doanh hạ tầng KCN như sau: Miễn thuế 02 năm (2008, 2009); Giảm 50% thuế TNDN 03 năm (2010, 2011, 2012) (theo quy định tại khoản 1e và khoản 2c Mục IV Phần E Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính). Do là dự án đầu tư mở rộng nên Công ty không được hưởng ưu đãi về thuế suất thuế TNDN.

2. Về cách xác định và phương pháp tính ưu đãi thuế TNDN:

- Giai đoạn từ 2007 đến 2008:

Điểm 3.h Mục II Phần B Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNDN quy định:

“Đối với hoạt động cho thuê tài sản kể cả trường hợp cơ sở kinh doanh đầu tư xây dựng nhà cho người lao động thuê là số tiền cho thuê tài sản thu từng kỳ theo hợp đồng về cho thuê tài sản, cho thuê nhà.

Trường hợp bên thuê trả tiền trước cho nhiều năm thì doanh thu để tính thu nhập chịu thuế được xác định phù hợp với việc xác định chi phí của cơ sở kinh doanh.

Tùy theo điều kiện về việc xác định chi phí hợp lý, cơ sở kinh doanh có thể lựa chọn một trong hai phương pháp xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế như sau:

- Là số tiền cho thuê tài sản của từng năm được xác định bằng (=) số tiền trả trước chia (:) cho số năm trả tiền trước.

- Là toàn bộ số tiền cho thuê tài sản của số năm trả tiền trước.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đang trong thời gian ưu đãi thuế lựa chọn phương pháp xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế là toàn bộ số tiền thuê bên thuê trả trước cho nhiều năm thì việc xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp từng năm miễn thuế, giảm thuế căn cứ vào tổng số thuế thu nhập doanh nghiệp của số năm trả tiền trước chia (:) cho số năm bên thuê trả tiền trước.

Đối với tổ chức và cá nhân chưa thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ theo chế độ quy định, có hoạt động cho thuê tài sản mà bên thuê trả tiền trước cho nhiều năm thì doanh thu để tính thu nhập chịu thuế là toàn bộ số tiền cho thuê tài sản trả trước cho nhiều năm thu được”.

- Giai đoạn từ 2009 đến nay:

Khoản 3.d Điều 8 Nghị định số 124/2008/TT-BTC ngày 11/12/2008 của Chính phủ quy định: “Đối với hoạt động cho thuê tài sản là số tiền bên thuê trả từng kỳ theo hợp đồng thuê. Trường hợp bên thuê trả tiền thuê trước cho nhiều năm thì doanh thu để tính thu nhập chịu thuế được phân bổ cho số năm trả tiền trước”.

Điểm 1.1b Mục II Phần G Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính quy định: “Trường hợp doanh nghiệp được Nhà nước cho thuê đất thu tiền thuê đất hàng năm sau đó doanh nghiệp này cho thuê lại đất có hay chưa có kết cấu hạ tầng, công trình kiến trúc trên đất thì doanh thu để tính thu nhập chịu thuế là số tiền bên thuê trả từng kỳ theo hợp đồng thuê. Trường hợp bên thuê trả tiền thuê trước cho nhiều năm thì doanh thu để tính thu nhập chịu thuế được phân bổ cho số năm trả tiền trước.”.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty Cổ phần Khai Sơn cho các doanh nghiệp trong Khu công nghiệp thuê lại đất gắn với cơ sở hạ tầng theo hình thức thu tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê xác định ưu đãi thuế TNDN như sau:

- Năm 2008 (năm đầu tiên phát sinh thu nhập chịu thuế từ hoạt động này), Công ty lựa chọn hình thức xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế là toàn bộ số tiền cho thuê tài sản của số năm trả tiền trước là đúng quy định, nhưng Công ty đã xác định luôn số thu nhập nhận một lần của nhiều năm (49 năm) là thu nhập của năm 2008 để xác định số thuế TNDN năm 2008 được miễn toàn bộ của hoạt động cho thuê cơ sở hạ tầng là: 12.751.211.975x 28% = 3.570.339.353 đ là không đúng quy định tại Thông tư số 134/2007/TT-BTC.

Do vậy, số thuế TNDN phải nộp trong năm 2008 được xác định trên cơ sở doanh thu của các hợp đồng cho thuê phát sinh trong năm 2008 thu một lần cho cả thời gian thuê 49 năm sau khi tính nghĩa vụ thuế của 49 năm trừ (-) đi tổng số thuế được miễn trong 2 năm (2008, 2009) và giảm 50% trong 3 năm (2010, 2011, 2012), còn lại nghĩa vụ thuế Công ty nộp toàn bộ vào năm 2008. Từ đó tính toán ra số thuế TNDN năm 2008 phải nộp tăng thêm do xác định sai ưu đãi của Công ty.

- Năm 2009, 2010:

Căn cứ quy định tại tiết d khoản 3 Điều 8 Nghị định 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ và điểm 1.1b Mục II Phần G Thông tư 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính, xác định doanh thu theo từng hợp đồng phát sinh năm 2009 tính cho 48 năm còn lại, năm 2010 tính cho 47 năm còn lại để tính thu nhập chịu thuế được phân bổ cho số năm trả tiền trước, từ đó xác định số thuế TNDN từng năm miễn thuế, giảm thuế và số thuế TNDN phải nộp dần từng năm trong thời gian 47 năm bắt đầu từ năm 2010 của các hợp đồng phát sinh năm 2009 và các hợp đồng phát sinh năm 2010

Tổng cục Thuế trả lời để Kiểm toán Nhà nước Khu vực I được biết và mong tiếp tục nhận được sự hợp tác của Quý cơ quan./.