Trả lời công văn số 01/GĐ/ĐĐ ngày 02/11/2012 của Công ty TNHH Việt Sơn, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại Điều 1 của Pháp lệnh ngày 27/8/1996 sửa đổi, bổ sung một số điều của pháp lệnh về quyền và nghĩa vụ của các tổ chức trong nước được nhà nước giao đất, cho thuê đất quy định:

“3. Tổ chức kinh tế trong nước được Nhà nước cho thuê đất gồm các doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp của các tổ chức chính trị, xã hội, doanh nghiệp quốc phòng, an ninh, công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn, tổ chức kinh tế tập thể sử dụng đất vào mục đích không phải là sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thủy sản, làm muối, trừ các trường hợp quy định tại khoản 2 của Điều này”.

- Tại Điều 32 Nghị định số 85/CP ngày 17/12/1995 của Chính phủ quy định việc thi hành pháp lệnh về quyền và nghĩa vụ của các tổ chức trong nước được nhà nước giao đất, cho thuê đất quy định:

“Điều 32. Tổ chức đang sử dụng đất có nguồn gốc từ đất ở của hộ gia đình, cá nhân sử dụng hợp pháp sau khi được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép sử dụng diện tích đất đó để làm văn phòng, nhà xưởng để sản xuất, kinh doanh thì không phải chuyển sang hình thức thuê đất, tổ chức đó vẫn nộp thuế nhà đất theo quy định của pháp luật”.

- Tại điểm 1 phần III Thông tư số 70/TC/QLCS ngày 7/10/1997 hướng dẫn việc nộp tiền thuê đất, góp vốn liên doanh bằng giá trị quyền sử dụng đất của các tổ chức trong nước theo quy định tại Nghị định số 85/CP ngày 17/12/1996 của Chính phủ đã quy định:

“Đất được coi là đã nộp tiền sử dụng đất phải là đất do tổ chức sử dụng đã nộp đầy đủ, đúng chế độ và có chứng từ hợp lệ để chứng minh thuộc 1 trong các trường hợp sau:

Khi được giao đất đã nộp tiền đền bù thiệt hại theo Quyết định số 186/HĐBT ngày 31/5/1990 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) về đền bù thiệt hại đất nông nghiệp, đất có rừng khi chuyển sang mục đích khác;

Tổ chức mua nhà cùng với nhận quyền sử dụng đất có nhà trên đó mà người bán nhà cùng với chuyển quyền sử dụng đất đã nộp thuế thu nhập theo Pháp lệnh thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao;

Đã nộp tiền sử dụng đất vào ngân sách Nhà nước theo quy định tại Thông tư số 60 TC/TCT ngày 16 tháng 7 năm 1993 của Bộ Tài chính thì được giao đất thay cho thanh toán giá trị công trình;

Mua nhà thuộc sở hữu Nhà nước, mua nhà của các Công ty kinh doanh nhà của Nhà nước theo quy định tại Nghị định số 61/CP ngày 5/7/1994 của Chính phủ về mua bán và kinh doanh nhà ở;

Nộp tiền sử dụng đất theo quy định tại Nghị định số 89/CP ngày 17/8/1994 của Chính phủ về việc thu tiền sử dụng đất và lệ phí địa chính”.

- Tại Khoản 3 Điều 7 Nghị định số 198/2004/NĐ-CP ngày 3/12/2004 của Chính phủ về thu tiền sử dụng đất:

“3. Trường hợp đất được chuyển từ thuê đất sang giao đất có thu tiền sử dụng đất mà trước đó người sử dụng đất đã chi trả tiền bồi thường về đất và nộp trước tiền thuê đất thì được trừ chi phí bồi thường về đất theo quy định của pháp luật về bồi thường, hỗ trợ về tiền thuê đất nộp trước (của thời gian còn lại) vào tiền sử dụng đất phải nộp”.

- Tại điểm 3 mục III phần B Thông tư số 117/2004/TT-BTC ngày 7/12/2004 hướng dẫn thực hiện Nghị định số 198/2004/NĐ-CP ngày 3/12/2004 quy định:

“3. Khoản 3 quy định về trường hợp khi Nhà nước cho thuê đất mà phải bồi thường, hỗ trợ về đất; nếu số tiền bồi thường, hỗ trợ về đất chưa được trừ vào tiền thuê đất phải nộp thì được trừ vào tiền sử dụng đất phải nộp; mức bồi thường về đất được trừ được tính bằng diện tích đất thuê mà phải bồi thường về đất được chuyển sang giao đất có thu tiền sử dụng đất nhân với giá đất tính bồi thường của loại đất khi thực hiện bồi thường tại thời điểm được phép chuyển từ thuê đất sang giao đất có thu tiền sử dụng đất.

Tiền thuê đất của khoảng thời gian đã sử dụng đất không được trừ vào tiền sử dụng đất phải nộp. Tiền thuê đất đã nộp cho khoảng thời gian chưa sử dụng đất được trừ vào tiền sử dụng đất phải nộp và được tính theo công thức sau:

- Tại điểm 1 Thông tư số 69/2006/TT-BTC ngày 02/8/2006 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 116/2004/TT-BTC ngày 7/12/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 197/2004/NĐ-CP ngày 3/12/2004 của Chính phủ về bồi thường, hỗ trợ và tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất đã quy định:

“Tổ chức, cá nhân được Nhà nước giao đất, cho thuê đất để sử dụng vào mục đích quy định tại  khoản 1 Điều 1 Nghị định số 197/2004/NĐ-CP có nghĩa vụ chi trả tiền bồi thường, hỗ trợ và tái định cư. Tổ chức, cá nhân nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài đầu tư vào Việt Nam được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất hoặc cho thuê đất thì không phải chịu chi phí về bồi thường, hỗ trợ và tái định cư.

Tổ chức, cá nhân được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất đã chi trả tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và tổ chức, cá nhân nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài đầu tư vào Việt Nam có thực hiện ứng trước tiền để chi trả bồi thường, hỗ trợ và tái định cư theo quy định tại Nghị định số 197/2004/NĐ-CP thì được trừ số tiền đã chi trả bồi thường về đất, hỗ trợ về đất vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp cho Nhà nước. Mức được trừ không vượt quá số tiền sử dụng đất và tiền thuê đất phải nộp theo quy định”.

Căn cứ hồ sơ kèm theo: ngày 27/5/2002, UBND tỉnh Bình Phước đã ban hành Quyết định số 889/QĐ-UB về việc cần giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Công ty TNHH Việt Sơn đối với diện tích đất thuê trong thời hạn 45 năm kể từ ngày 11/4/2002.

Căn cứ các quy định trên và hồ sơ kèm theo thì diện tích đất mà Công ty TNHH Việt Sơn đã nhận chuyển nhượng để xây dựng nhà máy chế biến hạt điều xuất khẩu của Công ty từ năm 1999 phải chuyển sang hình thức thuê đất theo quy định tại Pháp lệnh ngày 27/8/1996 sửa đổi, bổ sung một số điều của pháp lệnh về quyền và nghĩa vụ của các tổ chức trong nước được nhà nước giao đất, cho thuê đất; Việc quy định không phải chuyển sang hình thức thuê đất chỉ áp dụng đối với trường hợp các tổ chức đang sử dụng đất có nguồn gốc từ đất ở của hộ gia đình, cá nhân sử dụng hợp pháp sau khi được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép sử dụng diện tích đất đó để làm văn phòng, nhà xưởng để sản xuất, kinh doanh.

Trường hợp năm 2009 Công ty được nhà nước cho phép chuyển hình thức sử dụng đất đối với diện tích đất nêu trên từ thuê đất sang giao đất thì Công ty phải nộp tiền sử dụng đất. Nếu Công ty đã chi trả tiền bồi thường về đất theo quy định tại Nghị định số 197/2004/NĐ-CP và nộp trước tiền thuê đất thì được trừ chi phí bồi thường về đất theo quy định của pháp luật về bồi thường, hỗ trợ và tiền thuê đất nộp trước (của thời gian còn lại) vào tiền sử dụng đất phải nộp theo hướng dẫn tại Thông tư số 117/2004/TT-BTC nêu trên. Nếu số tiền bồi thường, hỗ trợ đã chi trả của Công ty là tự thỏa thuận từ trước thời điểm có Nghị định số 197/2004/NĐ-CP thì Công ty không được trừ vào tiền SDĐ phải nộp.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty được biết. Đề nghị Công ty liên hệ với cơ quan Thuế địa phương để được hướng dẫn thực hiện theo đúng quy định./.