Kính gửi: Các Cục Hải quan tỉnh, thành phố.

Để đảm bảo thực hiện đúng các quy định của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH16, Nghị định số 134/2016/NĐ-CP và các văn bản có liên quan đến chính sách thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, trong năm 2017, Tổng cục Hải quan đã tiến hành kiểm tra công tác miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế tại một số Cục Hải quan tỉnh, thành phố. Trên cơ sở báo cáo của các Đoàn kiểm tra, để khắc phục tồn tại, nâng cao hiệu quả thực hiện chính sách thuế và công tác quản lý thuế, Tổng cục Hải quan yêu cầu các Cục Hải quan tỉnh, thành phố thực hiện các nội dung sau:

1. Về việc thực hiện các quy định tại Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định 134/2016/NĐ-CP

Qua hội nghị trực tuyến về tham gia ý kiến sửa đổi Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, còn có một số ý kiến về cách hiểu và thực hiện chính sách thuế khác nhau giữa các quy định của Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (có hiệu lực từ 01/9/2016) và hướng dẫn tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính. Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau: Từ ngày 01/9/2016 các chính sách miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế được thực hiện theo quy định tại Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định 134/2016/NĐ-CP. Các quy định về miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế tại Thông tư 38/2015/TT-BTC nếu không phù hợp với các văn bản nêu trên thì sẽ không còn hiệu lực thi hành.

Đề nghị các Cục Hải quan tỉnh, thành phố quán triệt cho các Chi cục nghiêm túc triển khai thực hiện các quy định của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP. Thực hiện rà soát các trường hợp đã xử lý miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế từ ngày 01/9/2016 (ngày Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP có hiệu lực). Trường hợp phát hiện thực hiện chưa đúng quy định thì Cục Hải quan tỉnh, thành phố phải kịp thời chấn chỉnh và có biện pháp khắc phục. Trường hợp phát sinh vướng mắc các đơn vị tổng hợp báo cáo về Tổng cục Hải quan để hướng dẫn thực hiện.

2. Về miễn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu

(1) Thực hiện kiểm tra, rà soát các tờ khai nhập khẩu miễn thuế tại các Chi cục Hải quan để phân tích, xác định dấu hiệu nghi vấn, rủi ro đối với các trường hợp thuộc diện phải thông báo DMMT với cơ quan Hải quan trước khi nhập khẩu hàng hóa. Rà soát các trường hợp khai sai mã miễn thuế để hướng dẫn doanh nghiệp khai đúng quy định.

Thực hiện rà soát các hồ sơ miễn thuế đối với hàng hóa tạo tài sản cố định, hàng hóa thuộc Danh Mục vật tư trong nước đã sản xuất được theo quy định tại Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH16 và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP. Căn cứ hồ sơ nhập khẩu, tài liệu kỹ thuật, các chứng từ tài liệu có liên quan tiến hành kiểm tra thực tế tình hình sử dụng hàng hóa đã được miễn thuế tại trụ sở người nộp thuế theo nguyên tắc quản lý rủi ro quy định tại Điểm c Khoản 6 Điều 30 Nghị định 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ.

(2) Về việc miễn thuế nhập khẩu theo hệ thống tổ hợp dây chuyền máy móc, thiết bị theo quy định tại Khoản 3 Điều 31 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, các Cục Hải quan tỉnh, thành phố chỉ đạo các Chi cục hướng dẫn doanh nghiệp lập DMMT, Phiếu theo dõi trừ lùi bằng bản giấy. Trường hợp cơ quan Hải quan đã chấp nhận đăng ký DMMT trên hệ thống VNACCS: Hướng dẫn doanh nghiệp khai báo số, ngày đăng ký danh Mục miễn thuế vào ô “ghi chú”, không khai vào ô “Danh Mục miễn thuế nhập khẩu” trên tờ khai hải quan, khi kiểm tra hồ sơ hải quan phải kiểm tra, rà soát để kịp thời yêu cầu doanh nghiệp khai bổ sung, xử lý theo quy định.

Công chức hải quan khi kiểm tra hồ sơ phải yêu cầu doanh nghiệp khai báo chi Tiết thông tin về từng mặt hàng nhập khẩu thuộc tổ hợp, dây chuyền máy móc thiết bị nhập khẩu nhiều lần thuộc trường hợp không thể trừ lùi theo số lượng tại thời Điểm nhập khẩu để làm căn cứ đối chiếu, kiểm tra, quyết toán sau khi kết thúc việc nhập khẩu tổ hợp, dây chuyền.

(3) Trường hợp có mặt hàng không đáp ứng các Điều kiện để được miễn thuế nhập khẩu nhưng đã đăng ký DMMT thì cơ quan hải quan thông báo cho doanh nghiệp để khai sửa đổi DMMT; thu đủ tiền thuế đã miễn không đúng đối tượng.

(4) Trường hợp đã đăng ký DMMT nhưng không thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư, đối tượng miễn thuế nhập khẩu theo quy định; cơ quan hải quan dừng sử dụng DMMT trên hệ thống (đối với trường hợp thông báo DMMT bằng bản giấy thì thông báo cho doanh nghiệp và thực hiện thu hồi DMMT và phiếu theo dõi trừ lùi); thu đủ tiền thuế, tiền chậm nộp và xử lý theo quy định đối với hàng hóa đã giải quyết miễn thuế không đúng đối tượng.

(5) Khi kiểm tra hồ sơ hải quan, công chức hải quan phải hướng dẫn người nộp thuế khai bổ sung, sửa đổi theo đúng mã miễn thuế nhập khẩu và sửa đổi mã biểu thuế tương ứng với hàng hóa thực tế nhập khẩu.

(6) Kiểm tra việc khai báo, nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu; hàng gia công xuất khẩu có sử dụng nguyên liệu vật tư trong nước.

(7) Đối với các trường hợp không khai báo chi Tiết hàng hóa thực tế nhập khẩu hoặc có dấu hiệu nghi vấn trong việc sử dụng hàng hóa không đúng đối tượng, Mục đích miễn thuế và các trường hợp khác cần tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thì các Cục Hải quan tỉnh, thành phố chỉ đạo thực hiện kiểm tra sau thông quan ngay trong năm 2018 để đảm bảo xử lý miễn thuế đúng quy định.

3. Về hoàn thuế, không thu thuế

(1) Thực hiện đúng quy định về phân loại hồ sơ hoàn thuế (hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau và hồ sơ kiểm tra trước khi hoàn thuế) theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định số 1780/QĐ-TCHQ ngày 17/6/2016 của Tổng cục Hải quan và các văn bản hướng dẫn sửa đổi bổ sung.

(2) Thực hiện thu thập, khai thác và sử dụng các cơ sở dữ liệu hiện có để xác định các tờ khai cần tiến hành kiểm tra sau hoàn thuế theo nguyên tắc quản lý rủi ro theo quy định tại Khoản 18 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 Luật sửa đổi bổ sung một số Điều của Luật quản lý thuế để xây dựng kế hoạch kiểm tra sau hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế ngay trong 6 tháng đầu năm 2018.

Trường hợp phát sinh hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (VD: Hàng hóa nhập khẩu theo giấy phép, hàng hóa nhập khẩu phải đảm bảo các quy định quản lý nhà nước về kiểm dịch, vệ sinh an toàn thực phẩm, kiểm tra chất lượng hàng hóa thuộc diện phải kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định tại Điểm i Khoản 2 Điều 41 Nghị định 83/2013/NĐ-CP) nhưng cơ quan hải quan đã phân loại thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thì phải tổ chức kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với tất cả các trường hợp này.

(3) Rà soát các trường hợp đã xử lý không thu thuế nhập khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu nhưng phải nhập khẩu trở lại Việt Nam; không thu thuế xuất khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tái xuất ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan đảm bảo thực hiện đúng các quy định của Nghị định 134/2016/NĐ-CP.

4. Về thuế bảo vệ môi trường

Tiến hành rà soát toàn bộ các mặt hàng thuộc đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường đặc biệt là mặt hàng xăng, dầu có nguồn gốc dầu hóa thạch theo quy định tại Khoản 1 Điều 3 Luật thuế bảo vệ môi trường số 57/2010/QH12, Khoản 1 Điều 2 Nghị định số 67/2011/NĐ-CP ngày 8/8/2011, Khoản 1 Điều 1 Thông tư số 152/2011/TT-BTC ngày 11/11/2011, Tiết b.2 Điểm b Khoản 4 Điều 15 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 và các văn bản hướng dẫn có liên quan của Bộ Tài chính.

5. Về thuế giá trị gia tăng

(1) Kiểm tra, rà soát việc áp dụng chính sách thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu, đặc biệt là các mặt hàng đã khai báo trên tờ khai nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT hoặc thuế suất thuế GTGT 5% như: Máy móc, thiết bị nông nghiệp; mặt hàng động cơ máy thủy để áp dụng chính sách thuế GTGT đúng quy định tại Luật số 71/2014/QH13 sửa đổi, bổ sung một số Điều của các Luật về thuế; Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 của Chính phủ; Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính và các công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính về máy móc, thiết bị chuyên dùng cho nông nghiệp, công văn số 12848/BTC-CST ngày 15/9/2015, công văn số 1677/BTC-CST ngày 29/01/2016, công văn số 3233/BTC-TCT ngày 13/3/2017, công văn số 16659/BTC-CST ngày 22/11/2016, công văn số 5678/BTC-CST ngày 27/4/2016, công văn số 15802/BTC-CST ngày 30/10/2015 và các văn bản có liên quan.

Trường hợp có nghi vấn về việc xác định chính sách thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu nhưng chưa đủ căn cứ kết luận sai phạm của doanh nghiệp thì tiến hành kiểm tra sau thông quan.

(2) Trường hợp người nộp thuế đã khai báo đối tượng không chịu thuế GTGT hoặc thuế suất thuế GTGT 5% không đúng quy định thì yêu cầu người khai hải quan khai bổ sung, nộp đủ tiền thuế, tiền chậm nộp và xử lý theo quy định. Nếu người khai hải quan không thực hiện khai bổ sung theo yêu cầu của cơ quan hải quan thì thực hiện ấn định thuế, thu đủ tiền thuế, tiền chậm nộp và xử phạt theo quy định.

(3) Kết quả xử lý thuế và các thông tin về người khai hải quan, người nộp thuế phải chuyển cho bộ phận quản lý rủi ro để phân tích, đánh giá, xử lý theo quy định về quản lý rủi ro.

Các đơn vị tổng hợp kết quả thực hiện hướng dẫn tại công văn này báo cáo Tổng cục Hải quan (Cục Thuế XNK) trước ngày 30/6/2016.

Tổng cục Hải quan thông báo để các Cục Hải quan tỉnh, thành phố biết và thực hiện./.