Căn cứ khoản 3 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ tài chính hướng dẫn về thuế GTGT: “Trong thời gian 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo về việc áp dụng phương khấu trừ, cơ quan thuế phải có văn bản thông báo cho doanh nghiệp, hợp tác xã, cơ sở kinh doanh biết việc chấp nhận hay không chấp nhận thông báo về việc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế”.

Căn cứ công văn 5485/BTC-TCT ngày 26/4/2014 của Bộ Tài chính về việc đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp tính thuế đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập.

Để việc triển khai thực hiện được thống nhất, Cục Thuế TP thông báo một số nội dung cụ thể như sau:

1. Về việc tiếp nhận mẫu 06/GTGT:

Giao bộ phận KK-KTT tiếp nhận tất cả các loại hồ sơ đăng ký mẫu 06/GTGT. Trường hợp bộ phận “một cửa” tiếp nhận thì sau khi nhận hồ sơ phải chuyển ngay cho bộ phận KK-KTT giải quyết (trong ngày).

2. Về việc xử lý hồ sơ đăng ký phương pháp tính thuế đối với doanh nghiệp mới thành lập:

a) Nếu doanh nghiệp đã nộp đầy đủ hồ sơ theo đúng quy định: bộ phận KK-KTT tiếp nhận và trình lãnh đạo phát hành thông báo cho doanh nghiệp về việc chấp thuận của cơ quan thuế (mẫu số 01 ban hành kèm theo văn bản này). Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thì bộ phận KK-KTT trình lãnh đạo ra thông báo không chấp nhận cho doanh nghiệp biết (mẫu số 02 ban hành kèm theo văn bản này).

b) Trường hợp doanh nghiệp mới thành lập có dự án đầu tư khi gửi Thông báo 06/GTGT đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế đến cơ quan thuế cùng với bản cam kết đầu tư, mua sắm TSCĐ, máy móc thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên trong vòng 12 tháng: Bộ phận KK-KTT kiểm tra hồ sơ nếu có vướng mắc về chính sách thì tham khảo ý kiến bộ phận TTHT (trong vòng 01 ngày) sau đó bộ phận KK-KTT trình lãnh đạo ra thông báo trả lời cho doanh nghiệp tạm chấp nhận áp dụng phương pháp khấu trừ thuế (theo mẫu số 03 ban hành kèm theo văn bản này).

c) Trường hợp trong thời gian 12 tháng, nếu doanh nghiệp chứng minh có hóa đơn đầu tư, mua sắm TSCĐ, máy móc thiết bị từ 1 tỷ đồng trở lên thì bộ phận Kiểm tra trình lãnh đạo ra thông báo chính thức (mẫu số 01) cho doanh nghiệp để doanh nghiệp làm thủ tục phát hành hóa đơn hoặc mua hóa đơn của cơ quan thuế để sử dụng.

d) Hết thời hạn 12 tháng, nếu doanh nghiệp không chứng minh giá trị TSCĐ, máy móc thiết bị đầu tư, mua sắm từ 1 tỷ đồng trở lên thì bộ phận Kiểm tra trình lãnh đạo ra thông báo cho doanh nghiệp biết phải chuyển đổi sang phương pháp tính thuế trực tiếp (mẫu số 04 ban hành kèm theo văn bản này).

e) Bộ phận quản lý Ấn chỉ: chỉ tiếp nhận thông báo phát hành hóa đơn hoặc bán hóa đơn GTGT (hoặc hóa đơn bán hàng) cho doanh nghiệp khi nhận được thông báo mẫu 01 hoặc mẫu 02.

Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các Phòng/ Chi cục Thuế báo cáo về Cục thuế (qua P.KK-KTT tổng hợp) để được xử lý kịp thời.