Tổng cục Thuế nhận được công văn số 26855/CT-KTrT4 ngày 16/7/2013 và công văn số 29753/CT-TTr1 ngày 01/8/2013 của Cục Thuế TP Hà Nội về việc xử lý hoàn thuế GTGT đối với Tập đoàn Vingroup - Công ty CP. Sau khi báo cáo Bộ Tài chính và thực hiện ý kiến của Lãnh đạo Bộ Tài chính "Nguyên tắc đối với thuế GTGT phải chặt chẽ, không để vừa thu vừa hoàn; hoặc hoàn để thu", Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ theo hướng dẫn tại điểm 1, điểm 3 Phần C Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn các trường hợp được hoàn thuế GTGT: "1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT nếu trong 3 tháng liên tục trở lên có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Số thuế được hoàn là số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết của thời gian xin hoàn thuế.

…

3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động (trừ các doanh nghiệp hạch toán ngành) thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này."

Tại khoản 3 Điều 18 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn: "3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.

Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế với cơ quan hoàn thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp."

Tại tiết c, khoản 3, Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn: "c)…

Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương, Ban Quản lý dự án có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế phụ thuộc thì Ban quản lý dự án được lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế.

Riêng người nộp thuế là cơ sở kinh doanh hạch toán toàn ngành có dự án đầu tư bao gồm cả dự án đầu tư ở cùng tỉnh hay khác tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương với tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Đối với những trường hợp Thủ tướng Chính phủ đồng ý hoặc giao Bộ Tài chính hướng dẫn thì được thực hiện theo hướng dẫn riêng của cơ quan có thẩm quyền."

Căn cứ theo hướng dẫn nêu trên, trong quá trình thực hiện dự án đầu tư, nếu dự án có phát sinh doanh thu thì phải thực hiện kê khai bù trừ đối với số thuế GTGT của doanh thu phát sinh. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư tại cơ quan thuế TP Hồ Chí Minh theo quy định.

Đề nghị Cục Thuế TP Hà Nội, Cục Thuế TP Hồ Chí Minh căn cứ ý kiến chỉ đạo của Lãnh đạo Bộ, các quy định về chính sách theo từng thời kỳ nêu trên và tình hình thực tế triển khai dự án theo từng giai đoạn để hướng dẫn doanh nghiệp và xử lý khấu trừ, hoàn thuế GTGT theo đúng quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế TP Hà Nội phối hợp với Cục Thuế TP Hồ Chí Minh biết và thực hiện./.