Tổng cục Thuế nhận được công văn số 20/13/CV-PT ngày 18/11/2013 của Công ty TNHH Phát Triển đề nghị hướng dẫn vướng mắc về chính sách ưu đãi thuế, về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Điểm 29 Mục IV Phần B Phụ lục I Ban hành kèm theo Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22 tháng 9 năm 2006 của Chính phủ:

"29. Dự án sử dụng thường xuyên từ 500 lao động đến 5.000 lao động."

- Khoản 2 Điều 2 Thông tư số 199/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính quy định:

"2. Doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu mà bị chấm dứt ưu đãi thuế TNDN đối với điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu theo cam kết WTO, kể từ năm 2012 được lựa chọn để tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế TNDN cho thời gian còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng ưu đãi đầu tư (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu), cụ thể như sau:

- Được lựa chọn để tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế TNDN cho thời gian còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng ưu đãi đầu tư quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN có hiệu lực trong thời gian từ ngày doanh nghiệp được cấp Giấy phép thành lập đến trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14 tháng 2 năm 2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế TNDN có hiệu lực thi hành (theo các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN kể từ kỳ tính thuế năm 2006 trở về trước đến thời điểm doanh nghiệp được cấp giấy phép thành lập).

- Hoặc được lựa chọn để tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế TNDN cho thời gian còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng ưu đãi đầu tư theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN có hiệu lực tại thời điểm bị điều chỉnh ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO (theo các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN áp dụng kỳ tính thuế năm 2012).

- Ví dụ 2 Khoản 5 Điều 3 Thông tư số 199/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

" Doanh nghiệp B thành lập ngày 16/04/1993 có hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu, đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư: Dự án đầu tư sử dụng từ 500 lao động trở lên; Dự án xuất khẩu ít nhất 80% sản phẩm. Theo Giấy phép thành lập doanh nghiệp B được hưởng ưu đãi thuế lợi tức (thuế TNDN): thuế suất thuế lợi tức là 20% suốt thời gian thực hiện dự án, miễn thuế lợi tức 2 năm, giảm 50% thuế lợi tức trong 3 năm tiếp theo. Doanh nghiệp bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 2003. Doanh nghiệp đã được hưởng ưu đãi thuế: miễn thuế TNDN 2 năm: năm 2003 và năm 2004, giảm 50% thuế TNDN trong 3 năm tiếp theo: năm 2005, năm 2006 và năm 2007.

Kể từ kỳ tính thuế TNDN năm 2012 chấm dứt ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện xuất khẩu: doanh nghiệp B đã hưởng hết thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, chỉ còn được hưởng ưu đãi về thuế suất 20% do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu thì kể từ năm 2012 doanh nghiệp B phải chấm dứt ưu đãi áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu. Các ưu đãi về thuế suất thuế TNDN mà doanh nghiệp có thể lựa chọn do đáp ứng điền kiện ưu đãi thuế TNDN khác ngoài điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu để thông báo với cơ quan thuế áp dụng kể từ năm 2012:

a) Tại thời điểm cấp Giấy phép thành lập - Nghị định số 18/CP ngày 16/4/1993 của Chính phủ: nếu bỏ điều kiện ưu đãi xuất khẩu, doanh nghiệp B chỉ còn đáp ứng điều kiện sử dụng từ 500 lao động trở lên: không đáp ứng điều kiện được ưu đãi đầu tư phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.

b) Theo Nghị định số 12/CP ngày 18/2/1997 của Chính phủ: doanh nghiệp B đáp ứng điều kiện ưu đãi sử dụng từ 500 lao động trở lên nên được áp dụng thuế suất thuế TNDN là 20% trong thời gian 10 năm tính từ năm 1993 (ngày thành lập doanh nghiệp), đến năm 2012 đã hết thời gian ưu đãi về thuế suất phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.

c) Theo Nghị định 24/2000/NĐ-CP ngày 31/07/2000, Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19/03/2003 của Chính phủ: doanh nghiệp B không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.

d) Theo Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 thì dự án sử dụng thường xuyên từ 500 lao động đến 5000 lao động thuộc danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư. Theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP thì cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư thị được áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% trong 10 năm. DN B đáp ứng điều kiện sử dụng từ 500 lao động trở lên nên áp dụng thuế suất thuế TNDN là 20% trong thời gian 10 năm tính từ năm 1993, đến năm 2012 đã hết thời gian ưu đãi về thuế suất phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.

e) Tại thời điểm chấm dứt ưu đãi xuất khẩu do gia nhập WTO: Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ: doanh nghiệp B không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25%.

Như vậy Doanh nghiệp B được lựa chọn theo các điểm a, b, c, d, e nêu trên. Theo các thời điểm nêu trên, Doanh nghiệp B đã hết thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN, phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% kể từ năm 2012 cho thời gian còn lại của dự án.."

- Điểm 8 Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp quy định:

"Các cơ sở kinh doanh trong nước đã thành lập trước đây không thuộc diện ưu đãi đầu tư, nay có đủ điêu kiện hưởng ưu đãi đầu tư theo hướng dẫn tại Thông tư này thì được hưởng ưu đãi về thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này cho khoảng thời gian ưu đãi còn lại tính từ ngày 1/1/2004."

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp năm 2012 Công ty bị chấm dứt ưu đãi thuế TNDN đối với điều kiện tỷ lệ xuất khẩu theo cam kết WTO thì được lựa chọn để được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại tương ứng với điều kiện sử dụng nhiều lao động quy định tại Nghị định số 108/2006/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 25/10/2006, trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/2/2007 có hiệu lực thi hành). Đối với điều kiện về sử dụng lao động trên 500 người thuộc danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư Công ty được hưởng thuế suất thuế TNDN ưu đãi 20% trong 10 năm kể từ khi bắt đầu đi vào hoạt động kinh doanh theo quy định tại Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ. Nếu năm 2012 Công ty đáp ứng điều kiện sử dụng thường xuyên từ 500 đến 5000 lao động thì năm 2012 là năm cuối cùng Công ty được hưởng thuế suất thuế TNDN 20%.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty TNHH Phát Triển được biết, đề nghị Công ty liên hệ với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hướng dẫn cụ thể./.