Ngày 21/5/2014, Bộ Tài chính đã có công văn số 6642/BTC-CST hướng dẫn thực hiện các giải pháp hỗ trợ doanh nghiệp bị tổn thất theo Kết luận của Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng về việc giúp đỡ, hỗ trợ các doanh nghiệp khắc phục thiệt hại, sớm trở lại sản xuất kinh doanh tại Thông báo số 207/TB-VPCP ngày 20/5/2014 của Văn phòng Chính phủ.

Ngày 26/5/2014, Văn phòng Chính phủ có công văn số 3758/VPCP-KTTH thông báo ý kiến của Thủ tướng Chính phủ về một số giải pháp hỗ trợ doanh nghiệp khắc phục thiệt hại theo đề nghị của Bộ Tài chính về việc bổ sung giải pháp hỗ trợ doanh nghiệp khắc phục thiệt hại, tổn thất do hành vi vi phạm pháp luật tại một số địa phương.

Bộ Tài chính yêu cầu các Sở Tài chính, Cục Hải Quan, Cục Thuế tỉnh, thành phố nơi có doanh nghiệp bị thiệt hại khẩn trương triển khai thực hiện các giải pháp hỗ trợ doanh nghiệp theo kết luận của Thủ tướng Chính phủ như sau:

1. Về miễn thuế nhập khẩu, không thu thuế giá trị gia tăng (GTGT) hàng nhập khẩu để sửa chữa, thay thế máy móc, thiết bị, linh kiện bị hư hại, tổn thất:

- Về lập và đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế nhập khẩu, không thu thuế GTGT hàng nhập khẩu: Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp bị thiệt hại đóng trụ sở hướng dẫn doanh nghiệp bị thiệt hại căn cứ Biên bản kiểm kê, đánh giá giá trị vật chất thiệt hại do doanh nghiệp lập và đăng ký Danh mục hàng hóa được miễn thuế nhập khẩu, không thu thuế GTGT hàng nhập khẩu để phục vụ sửa chữa, thay thế máy móc, thiết bị, linh kiện bị hư hại, tổn thất kèm theo Phiếu theo dõi trừ lùi. Trường hợp chưa có Biên bản kiểm kê xác nhận giá trị thiệt hại thì căn cứ vào cam kết của doanh nghiệp để thực hiện việc lập và đăng ký Danh mục.

- Thời điểm đăng ký Danh mục: Trước khi đăng ký tờ khai nhập khẩu đầu tiên của hàng hóa nhập khẩu để sửa chữa, thay thế máy móc, thiết bị, linh kiện bị hư hại thuộc Danh mục.

- Hồ sơ miễn thuế nhập khẩu, không thu thuế GTGT hàng nhập khẩu trong trường hợp này gồm có:

+ Danh mục hàng hóa được miễn thuế nhập khẩu nhập khẩu phục vụ sửa chữa, thay thế máy móc, thiết bị, linh kiện bị hư hại tổn thất kèm theo Phiếu theo dõi đăng ký trừ lùi đã được đăng ký với cơ quan Hải quan.

+ Các hồ sơ thủ tục khác theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 12 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày

- Thẩm quyền miễn thuế nhập khẩu, không thu thuế GTGT hàng nhập khẩu: Cơ quan Hải quan nơi doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa thực hiện miễn thuế nhập khẩu, không thu thuế GTGT hàng nhập khẩu thuộc Danh mục đã đăng ký. Trường hợp nơi doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa khác nơi xảy ra tổn thất thì cơ quan hải quan nơi xảy ra tổn thất có trách nhiệm phối hợp với cơ quan hải quan nơi nhập khẩu để thực hiện việc miễn thuế nhập khẩu, không thu thuế GTGT hàng nhập khẩu.

2. Về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN):

Doanh nghiệp bị thiệt hại, tổn thất được kê khai vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập tính thuế TNDN đối với phần chi trả tiền lương, tiền công cho người lao động phải nghỉ việc trong các trường hợp sau:

- Trường hợp doanh nghiệp đã trở lại hoạt động sản xuất kinh doanh trước ngày 25/5/2014 mà có chi trả tiền lương, tiền công cho người lao động trong thời gian phải nghỉ việc từ ngày 12/5/2014 đến khi trở lại làm việc, doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập tính thuế TNDN đối với phần chi trả tiền lương, tiền công nêu trên.

- Trường hợp doanh nghiệp bị thiệt hại trở lại hoạt động sản xuất kinh doanh trong tháng 6/2014 mà người lao động của doanh nghiệp đã được ngân sách ứng trước tiền lương, tiền công của tháng 4/2014 và những ngày đầu tháng 5/2014: doanh nghiệp thực hiện trả lại ngân sách số tiền ứng trước nêu trên và hạch toán số tiền này vào chí phí được trừ khi xác định thu nhập tính thuế TNDN.

3. Về miễn, giảm tiền thuê đất, thuê hạ tầng:

- Đối với các doanh nghiệp bị thiệt hại nói chung và công ty kinh doanh hạ tầng bị thiệt hại, căn cứ mức độ thiệt hại của doanh nghiệp, Cục Thuế báo cáo UBND tỉnh, thành phố thực hiện việc miễn, giảm tiền thuê đất, tiền thuê hạ tầng theo hướng dẫn tại công văn số 6642/BTC-CST ngày 21/5/2014 của Bộ Tài chính.

Công ty kinh doanh hạ tầng miễn, giảm phí sử dụng hạ tầng cho doanh nghiệp bị thiệt hại và chi phí này doanh nghiệp được trừ vào tiền thuê đất và không bị loại trừ khi xác định thu nhập tính thuế TNDN.

- Cục Thuế tỉnh, thành phố nơi có doanh nghiệp bị thiệt hại phối hợp với Sở Tài chính và các cơ quan liên quan thực hiện rà soát các trường hợp doanh nghiệp bị thiệt hại nặng, phải ngừng sản xuất kinh doanh để đầu tư khôi phục hoạt động trở lại, bao gồm cả trường hợp doanh nghiệp phải thuê đất, thuê cơ sở vật chất ở địa điểm mới để đầu tư khôi phục sản xuất; trên cơ sở mức độ thiệt hại của từng doanh nghiệp và mức độ hỗ trợ theo các giải pháp về thuế tại công văn số 6642/BTC-CST của Bộ Tài chính báo cáo với Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố quyết định việc miễn tiền thuê đất cho doanh nghiệp kể từ năm 2014. Trường hợp sau khi thực hiện việc miễn tiền thuê đất trên mà doanh nghiệp vẫn còn khó khăn thì tham mưu với UBND tỉnh trên cơ sở cân đối nguồn của ngân sách địa phương để quyết định việc hỗ trợ bằng phương pháp ngân sách hoàn trả tiền thuê đất mà doanh nghiệp đã nộp trước khi phải ngừng sản xuất kinh doanh. Tổng số miễn, hoàn và các giải pháp khác không quá số tiền doanh nghiệp bị thiệt hại.

4. Cục Thuế, Cục Hải quan có trách nhiệm báo cáo kết quả thực hiện chung theo hướng dẫn tại điểm 9 công văn số 6642/BTC-CST ngày 21/5/2014 của Bộ Tài chính.

Trong quá trình thực hiện có phát sinh vướng mắc, đề nghị các cơ quan liên quan phản ánh về Bộ Tài chính để được giải quyết kịp thời./.