Trả lời công văn số 02/06/MKE ngày 10/01/2007 và công văn số 05/06/MKE ngày 22/01/2007 của Công ty TNHH Mekong tư vấn kinh tế (Mekong) về chính sách thuế đối với dự án sử dụng nguồn vốn ODA, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Điểm 1.2 Mục III Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện chính sách thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) hướng dẫn: "Chủ dự án ODA không hoàn lại được hoàn lại số thuế giá trị gia tăng đã trả khi trực tiếp mua hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT tại Việt Nam để thực hiện dự án ODA không hoàn lại như hướng dẫn tại điểm 3, Mục IV, Thông tư này: Nhà thầu chính (không phân biệt là đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ hay phương pháp trực tiếp), khi xây lắp công trình hoặc cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho các chủ dự án ODA không hoàn lại, không phải tính thuế GTGT đầu ra và được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ dùng để xây lắp công trình hoặc sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho chủ dự án ODA không hoàn lại như hướng dẫn tại điểm 3, Mục IV, Thông tư này".

Căn cứ hướng dẫn trên, chính sách thuế GTGT đối với Hợp đồng dịch vụ tư vấn do Công ty (Nhà thầu chính) ký với Dự án giáo dục tiểu học cho trẻ em có hoàn cảnh khó khăn (thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo) nêu trên được xác định theo nguyên tắc như sau:

- Trường hợp Hợp đồng được ký bao gồm thuế GTGT và Chủ dự án được cấp vốn đối ứng để nộp thuế thì Công ty thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định.

- Trường hợp Hợp đồng được ký bao gồm thuế GTGT và Chủ dự án không được cấp vốn đối ứng để nộp thuế thì Chủ dự án thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT.

- Trường hợp Hợp đồng được ký không bao gồm thuế GTGT và Chủ dự án không được cấp vốn đối ứng để thanh toán tiền thuế GTGT thì Công ty thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT đầu vào liên quan đến hàng hóa, dịch vụ mà Công ty mua vào để thực hiện Dự án.

Thủ tục hồ sơ hoàn thuế GTGT thực hiện theo hướng dẫn tại điểm 6 mục II phần D Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT.

Theo Hợp đồng dịch vụ tư vấn ký giữa Công ty và Chủ Dự án giáo dục tiểu học cho trẻ em có hoàn cảnh khó khăn tại Điều khoản về thanh toán quy định không nêu rõ giá thanh toán có bao gồm thuế GTGT hay không. Vì vậy, đề nghị Công ty và Chủ dự án xác định cụ thể giá Hợp đồng (có hay không bao gồm thuế GTGT) để làm căn cứ xác định nghĩa vụ thuế GTGT theo các hướng dẫn nêu trên.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty TNHH Mekong tư vấn kinh tế được biết và liên hệ với Cục thuế địa phương để được hướng dẫn thực hiện.