Tổng cục Thuế nhận được công văn số 444/KTTC ngày 30/11/2015 và công văn số 293/KTTC ngày 04/9/2015 của Công ty Cổ phần Lilama 45.4 về xuất hóa đơn hợp đồng thầu phụ. Sau khi có ý kiến của các Vụ Chính sách Thuế, Pháp chế, Chế độ kế toán (Bộ Tài chính), Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ hướng dẫn tại Điều 3 Thông tư số 103/2014/TT-BTC ngày 06/8/2014 hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế áp dụng đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam;

Căn cứ hướng dẫn tại Điều 2, Điều 3 và Điều 14 Thông tư số 153/2010/TT-BTC ngày 28/9/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ; hướng dẫn tại điểm 2 Mục I Chương II Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT;

Căn cứ quy định trên:

- Người bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ phải lập hóa đơn GTGT giao cho người mua. Theo đó về nguyên tắc nhà thầu phụ phải xuất hóa đơn GTGT giao cho nhà thầu chính để nhà thầu chính xuất hóa đơn giao cho chủ đầu tư để chủ đầu tư ghi nhận chi phí.

- Chủ đầu tư (người mua) được căn cứ hợp đồng, chứng từ thanh toán, hóa đơn, chứng từ khấu trừ thuế của nhà thầu nước ngoài để ghi nhận chi phí đầu tư xây dựng cơ bản.

Theo trình bày tại công văn của Công ty Cổ phần Lilama 45.4, công văn của Cục thuế Đồng Nai thì: Tháng 11, 12/2011 Công ty CP Lilama 45.4 (nhà thầu phụ) đã xuất hóa đơn GTGT cho nhà thầu chính - IWHR về khối lượng công trình đã thực hiện. Chủ đầu tư Tổng công ty xây dựng số 1 (CC1) đã thanh toán hạng mục công trình hoàn thành cho Công ty CP Lilama 45.4 (nhà thầu phụ) theo giá chưa có thuế GTGT. Tuy nhiên Năm 2013, Kiểm toán Nhà nước khi kiểm tra tại Công ty CP Lilama 45 đã không chấp nhận việc ghi nhận doanh thu theo hóa đơn mà Công ty CP Lilama 45.4 xuất giao cho nhà thầu chính IWHR vào tháng 11, 12/2011 với lý do hạng mục công trình không được Nhà thầu chính IWHR nghiệm thu (thực tế ngày 19/8/2011 nhà thầu chính - IWHR đã bị chủ đầu tư chấm dứt hợp đồng trước thời hạn) theo đó Công ty CP Lilama 45 đã điều chỉnh giảm doanh thu năm 2011 theo hóa đơn đã xuất cho nhà thầu chính IWHR.

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, Tổng cục Thuế đề nghị:

- Cục thuế Đồng Nai và Cục thuế Hồ Chí Minh xem xét xử lý cụ thể, trường hợp xác định nhà thầu chính IWHR đã bị chủ đầu tư chấm dứt hợp đồng trước thời hạn thì thống nhất với đề xuất xử lý của Cục thuế tỉnh Đồng Nai: Công ty CP Lilama 45.4 xuất hóa đơn GTGT giao cho Chủ đầu tư - Tổng công ty xây dựng số 1 (CC1). Căn cứ hóa đơn GTGT xuất cho Chủ đầu tư - Tổng công ty xây dựng số 1 (CC1), Công ty CP Lilama 45.4 thực hiện kê khai doanh thu, nộp các loại thuế theo quy định.

- Đề nghị Cục thuế TP. Hồ Chí Minh làm việc với Chủ đầu tư - Tổng công ty xây dựng số 1 (CC1) để rà soát việc ghi nhận chi phí đầu tư xây dựng cơ bản đảm bảo giá trị công trình xây dựng cơ bản không bị ghi nhận trùng lặp (ghi nhận theo giá trị khối lượng khi kê khai khấu trừ thuế nhà thầu và ghi nhận theo hóa đơn GTGT do Công ty CP Lilama 45.4 xuất giao).

Tổng cục Thuế có ý kiến để Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh, Cục Thuế tỉnh Đồng Nai và Công ty Cổ phần Lilama 45.4 được biết./.