Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 85/2003/TT-BTC ngày 29 tháng 8 năm 2003 hướng dẫn thực hiện việc phân loại hàng hóa theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khấu và Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi, Biểu thuế xuất khẩu. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện giải quyết miễn thuế nhập khẩu và không thu thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa là vật tư, thiết bị nhỏ lẻ thuộc tập hợp dây chuyền máy móc, thiết bị đồng bộ nhập khẩu để tạo tài sản cố định (TSCĐ) cho các Dự án đầu tư được hưởng ưu đãi đầu tư theo Luật Khuyến khích đầu tư trong nước và Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam đã phát sinh một số vướng mắc.

Căn cứ Điều 57 Nghị định số 24/2000/NĐ-CP ngày 31 tháng 7 năm 2000 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam; Điều 26 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP ngày 8 tháng 7 năm 1999 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật khuyến khích đầu tư trong nước (sửa đổi) số 03/1998/QH10; Nghị định số 35/2002/NĐ-CP ngày 29 tháng 3 năm 2002 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung Danh mục A, B và C ban hành tại Phụ lục kèm theo Nghị định số 5 l/1999/NĐ-CP ngày 8 tháng 7 năm 1999 của Chính phủ; Thông tư số 13/2001/TT-BTC ngày 8 năm 3 năm 2001, Thông tư số 98/2002/TT-BTC ngày 24 tháng 10 năm 2002, Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12 tháng 12 năm 2003 của Bộ Tài chính, để thực hiện cải cách thủ tục hành chính, tạo điều kiện thuận lợi thúc đẩy tăng trưởng đầu tư, Bộ Tài chính hướng dẫn bổ sung thủ tục giải quyết miễn thuế nhập khẩu và không thu thuế GTGT đối với hàng hóa là vật tư, thiết bị nhỏ lẻ thuộc tập hợp dây chuyền máy móc, thiết bị đồng bộ nhập khẩu để tạo TSCĐ cho các Dự án đầu tư được hưởng ưu đãi đầu tư như sau:

1. Đối tượng miễn thuế nhập khẩu và không thu thuế GTGT

- Các doanh nghiệp thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước được miễn thuế nhập khẩu và không thu thuế GTGT đối với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng (nằm trong dây chuyền công nghệ) loại trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để tạo TSCĐ.

- Các doanh nghiệp thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư theo Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam được miễn thuế nhập khẩu đối với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng (nằm trong dây chuyền công nghệ) nhập khẩu để tạo TSCĐ; không chịu thuế GTGT đối với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải thuê dùng (nằm trong dây chuyền công nghệ) loại trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để tạo TSCĐ.

Trường hợp trong dây chuyền máy móc, thiết bị đồng bộ nhập khẩu, ngoài máy móc, thiết bị nguyên chiếc còn bao gồm cả các thiết bị nhỏ lẻ (như bu lông, vòng đệm...) hoặc các vật tư (như gạch, vữa chịu lửa dùng để xây lò, que hàn, đầu ống nối...) hoặc thiết bị nhập khẩu nhưng phải tách rời để vận chuyển, không nhập khẩu được cùng chuyến (như các cấu kiện nhà tiền chế tháo rời) được miễn thuế nhập khẩu và không thu thuế GTGT theo dây chuyền máy móc, thiết bị đồng bộ nhập khẩu nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:

1.1. Thiết bị nhỏ lẻ và các loại vật tư này phải có số lượng, chủng loại phù hợp với mục đích chỉ sử dụng để lắp đặt, kết nối hoặc điều khiển các máy móc, thiết bị đảm bảo cho hệ thống vận hành bình thường.

1.2. Thiết bị nhỏ lẻ và các loại vật tư này phải nằm trong Danh mục hàng nhập khẩu miễn thuế đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt (đối với Dự án đầu tư trong nước là Bộ Kê hoạch và Đầu tư hoặc UBND tỉnh, thành phố, đối với Dự án dầu tư nước ngoài là Bộ Thương mại hoặc các cơ quan được Bộ Thương mại ủy quyền).

2. Thủ tục, hồ sơ giải quyết miễn thuế nhập khẩu và không thu thuế GTGT

2.1. Hồ sơ để được giải quyết miễn thuế nhập khẩu và không thu thuế GTGT thiết bị nhỏ lẻ và các loại vật tư theo dây chuyền máy móc, thiết bị đồng bộ nhập khẩu:

Đối với Dự án đầu tư nước ngoài: phải có đủ thủ tục hồ sơ theo quy định tại điểm 1.b, mục III, Phần thứ hai Thông tư số 13/2001/TT-BTC ngày 8 tháng 3 năm 2001 và điểm 4, mục II, Phần A Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12 tháng 12 năm 2003 của Bộ Tài chính.

- Đối với Dự án đầu tư trong nước: phải có đủ thủ tục hồ sơ theo quy định tại điểm 2.2, mục I, Phần C Thông tư số 98/2002/TT-BTC ngày 24 tháng 10 năm 2002 và điểm 4, mục II, Phần A Thông tư số 120/2003/TTBTC ngày12 tháng 12 năm 2003 của Bộ Tài chính.

2.2. Ngoài thủ tục hồ sơ như nêu tại điểm 2.1 nêu trên, Chủ Dự án đầu tư phải có cam kết sử dụng các loại vật tư, thiết bị nhỏ lẻ này đúng mục đích phục vụ cho việc lắp đặt kết nối máy móc, thiết bị thuộc dây chuyền thiết bị đồng bộ của Dự án đầu tư nêu rõ dự kiến thời gian lắp đặt, hoàn chỉnh dây chuyền máy móc, thiết bị đồng bộ.

3. Thẩm quyền xử lý miễn thuế nhập khẩu và không thu thuế GTGT

Cơ quan Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu căn cứ kết quả kiểm tra hàng thực nhập, đối chiếu quy định hiện hành, đối tượng nêu tại điểm 1 và thủ tục hồ sơ nêu tại điểm 2 nêu trên, nếu phù hợp thì thực hiện giải quyết miễn thuế nhập khẩu và không thu thuế GTGT đối với hàng hóa là vật tư, thiết bị nhỏ lẻ thuộc tập hợp dây chuyền máy móc, thiết bị đồng bộ nhập khẩu để tạo TSCĐ cho các Dự án đầu tư được hưởng ưu đãi đầu tư theo đúng quy định.

Đối với các trường hợp nhập khẩu vật tư, thiết bị nhỏ lẻ thuộc tập hợp dây chuyền máy móc, thiết bị đồng bộ để tạo TSCĐ cho các Dự án đầu tư được giải quyết miễn thuế nhập khẩu và không thu thuế GTGT theo hướng dẫn tại công văn này, hưng không sử dụng đúng mục đích thì phải kê khai với cơ quan Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu trong vòng 2 ngày làm việc kể từ ngày thay đổi mục đích sử dụng và phải truy nộp đủ thuế nhập khẩu, thuế GTGT đã được miễn và bị xử phạt theo quy định. Trường hợp không khai báo để kê khai truy nộp thuế, nếu kiểm tra phát hiện thì ngoài việc phải nộp đủ số thuế nhập khẩu, thuế GTGT đã được miễn, tùy theo tính chất, mức độ vi phạm còn bị phạt tiền từ 1 đến 5 lần số thuế gian lận.

Bộ Tài chính hướng dẫn để các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính Phủ, Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố, thông báo cho các doanh nghiệp biết và thực hiện. Trong quá trình thực hiện có vấn đề vướng mắc, đề nghị phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để có hướng xử lý phù hợp. Các trường hợp nhập khẩu vật tư, thiết bị nhỏ lẻ thuộc tập hợp dây chuyền máy móc, thiết bị đồng bộ để tạo TSCĐ cho các Dự án đầu tư nhưng cơ quan Hải quan đã tính và thu thuế khác với hướng dẫn tại công văn này thì báo cáo về Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) để xem xét, xử lý từng trường hợp cụ thể. Trường hợp cơ quan Hải quan đã tính nhưng chưa thu thuế, thì cơ quan Hải quan tính lại theo công văn này.