THÔNG TƯ

Căn cứ Luật thuế giá trị gia tăng số 02/1997/QH9 ngày 10/5/1997 và các Nghị định của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng;
Căn cứ Nghị quyết số 90/1999/NQ-UBTVQH10 ngày 3 tháng 9 năm 1999 của Uỷ ban thường vụ Quốc hội về việc sửa đổi, bổ sung một số danh mục hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng và thuế suất thuế giá trị gia tăng đối với một số hàng hoá, dịch vụ.
Căn cứ Quyết định số 223/1999/QĐ-TTg ngày 7/12/1999 của Thủ tướng Chính phủ về thuế giá trị gia tăng áp dụng đối với các dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA);
Bộ Tài chính hướng dẫn việc thực hiện thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các chương trình, dự án (dưới đây gọi chung là dự án) sử dụng nguồn vốn ODA như sau:

I. ĐỐI VỚI CÁC DỰ ÁN SỬ DỤNG NGUỒN VỐN ODA KHÔNG HOÀN LẠI:

1. Đối với hàng hoá, vật tư nhập khẩu:

Hàng hoá, vật tư nhập khẩu để thực hiện các dự án sử dụng nguồn vốn ODA không hoàn lại thuộc diện không chịu thuế giá trị gia tăng. Khi nhập khẩu hàng hoá, vật tư cho các dự án, Chủ dự án hoặc các Nhà thầu nộp cho cơ quan Hải quan Giấy xác nhận hàng viện trợ không hoàn lại của cơ quan có thẩm quyền cùng với hồ sơ nhập khẩu để không phải nộp thuế giá trị gia tăng.

2. Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trong nước:

a. Hàng hoá, dịch vụ do các nhà thầu chính cung cấp cho dự án sử dụng nguồn vốn ODA không hoàn lại thuộc diện không chịu thuế GTGT (Nhà thầu chính được hiểu là các tổ chức, cá nhân ký Hợp đồng trực tiếp với Chủ dự án để thực hiện việc xây lắp, tư vấn hoặc cung cấp các hàng hoá, vật tư chủ yếu cho dự án). Các Nhà thầu chính được hoàn lại thuế GTGT đã trả khi mua hàng hoá, dịch vụ trong nước.

Sau khi nhận được hoá đơn thanh toán của Nhà thầu phụ hoặc Nhà cung cấp trong nước, Nhà thầu chính gửi hồ sơ tới cơ quan thuế để được hoàn thuế. Ngoài các hồ sơ phải nộp lần đầu là bản sao quyết định đầu tư của cơ quan có thẩm quyền, bản sao Hợp đồng nhận thầu ký với Chủ dự án (Các bản sao có đóng dấu xác nhận của Chủ dự án) và bản sao Hợp đồng giao thầu một phần công việc cho các Nhà thầu phụ hoặc Hợp đồng mua hàng hoá, vật tư ký với các Nhà cung cấp trong nước có đóng dấu xác nhận của Nhà thầu chính, mỗi lần đề nghị hoàn thuế Nhà thầu chính nộp cho cơ quan thuế:

- Công văn đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 09/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998 của Bộ Tài chính.

- Bảng kê Hoá đơn giá trị gia tăng hàng hoá, dịch vụ mua vào để thực hiện dự án theo mẫu số 03/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998 của Bộ Tài chính.

b. Hàng hoá, dịch vụ do Chủ dự án tự mua từ các Nhà cung cấp trong nước đã trả thuế GTGT, được hoàn lại. Sau khi nhận được hoá đơn thanh toán của Nhà cung cấp trong nước, Chủ dự án gửi hồ sơ tới cơ quan thuế để được hoàn thuế. Hồ sơ hoàn thuế như hướng dẫn tại Khoản a nêu trên trừ bản sao Hợp đồng giao thầu một phần công việc cho các Nhà thầu phụ.

II. ĐỐI VỚI CÁC DỰ ÁN SỬ DỤNG NGUỒN VỐN ODA VAY THUỘC DIỆN ĐƯỢC NGÂN SÁCH NHÀ NƯỚC ĐẦU TƯ KHÔNG HOÀN TRẢ:

Các dự án sử dụng nguồn vốn ODA vay thuộc diện được Ngân sách Nhà nước đầu tư không hoàn trả quy định tại Điều 2 Quyết định số 223/1999/QĐ-TTg ngày 7/12/1999 của Thủ tướng Chính phủ, bao gồm các dự án sử dụng vốn vay và các dự án sử dụng nguồn vốn ODA hỗn hợp (dự án có sử dụng một phần vốn ODA không hoàn lại nhưng phần vốn ODA không hoàn lại đó không được tài trợ bằng Hiệp định riêng) được Ngân sách Nhà nước (Ngân sách Trung ương hoặc Ngân sách địa phương) đầu tư toàn bộ hoặc cấp một phần vốn.

Các dự án nói trên được hoàn lại số thuế GTGT đã trả khi nhập khẩu và mua hàng hoá, dịch vụ trong nước để thực hiện dự án.

1. Đối với hàng hoá, vật tư nhập khẩu:

Số thuế GTGT đã nộp khi nhập khẩu hàng hoá, vật tư theo quy định tại Luật thuế GTGT được hoàn lại. Hồ sơ hoàn thuế bao gồm:

+ Công văn đề nghị hoàn thuế GTGT theo mẫu số 09/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998 của Bộ Tài chính.

+ Quyết định đầu tư hoặc phê duyệt dự án của cơ quan có thẩm quyền (bản sao có xác nhận của Chủ dự án - nộp lần đầu).

+ Tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu (bản sao có xác nhận của Chủ dự án).

+ Biên lai nộp thuế GTGT đối với hàng hoá nhập khẩu của Hải quan hoặc Giấy nộp tiền bằng chuyển khoản có xác nhận của Kho bạc (bản chính).

+ Hợp đồng uỷ thác nhập khẩu đối với trường hợp uỷ thác cho các doanh nghiệp khác nhập khẩu (bản sao có xác nhận của Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính).

+ Hợp đồng ký giữa Chủ dự án và Nhà thầu chính trong trường hợp Nhà thầu chính làm thủ tục nhập khẩu hàng hoá (bản sao có đóng dấu xác nhận của Chủ dự án).

Trường hợp Chủ dự án trực tiếp nhập khẩu hàng hoá, vật tư thuộc diện chịu thuế GTGT, Chủ dự án có thể đề nghị được ghi thu, ghi chi số thuế GTGT phải nộp cùng với thuế nhập khẩu (nếu có). Thủ tục và trình tự ghi thu ghi chi được thực hiện như đối với trường hợp ghi thu, ghi chi thuế nhập khẩu.

2. Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trong nước:

Số thuế GTGT Chủ dự án đã trả khi mua hàng hoá, dịch vụ được hoàn lại. Ngay sau khi nhận được hoá dơn thanh toán của Nhà cung cấp, Chủ dự án gửi hồ sơ tới cơ quan thuế để được hoàn thuế. Hồ sơ hoàn thuế như quy định tại Khoản b Điểm 2 Mục I nêu trên.

Trường hợp Chủ dự án giao thầu cho các Nhà thầu chính và trong giá thầu không bao gồm thuế GTGT thì khi thanh toán với Chủ dự án, Nhà thầu chính không tính thuế GTGT và Nhà thầu chính được hoàn thuế GTGT đã trả khi mua hàng hoá, dịch vụ. Hồ sơ hoàn thuế ngoài hướng dẫn tại khoản a Điểm 2 Mục I nêu trên, Nhà thầu chính phải nộp bổ sung lần đầu Công văn của Chủ dự án đề nghị hoàn thuế trực tiếp cho Nhà thầu chính do trong giá thầu không bao gồm thuế GTGT.

III. ĐỐI VỚI CÁC DỰ ÁN VAY KHÁC:

Các dự án sử dụng nguồn vốn ODA vay lại từ Ngân sách nhà nước, kể cả các dự án sử dụng nguồn vốn ODA hỗn hợp, không thuộc diện được Ngân sách nhà nước đầu tư hoặc hỗ trợ một phần vốn, phải nộp thuế GTGT theo Luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn hiện hành.

Chủ dự án tự lo vốn để nộp thuế GTGT từ nguồn vốn trong nước, không sử dụng nguồn vốn ODA để nộp thuế. Số GTGT đã trả trong quá trình triển khai thực hiện dự án được khấu trừ hoặc hoàn lại theo hướng dẫn tại các Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998 và Thông tư số 93/1999/TT-BTC ngày 28/7/1999 của Bộ Tài chính.

IV. THỦ TỤC ĐĂNG KÝ MÃ SỐ THUẾ:

1. Đối với các Nhà thầu chính:

- Nhà thầu chính trong nước sử dụng mã số thuế đã được cấp để giao dịch và làm thủ tục hoàn thuế GTGT.

- Nhà thầu nước ngoài đang kinh doanh tại Việt Nam đã được cấp mã số thuế được tiếp tục sử dụng mã số thuế đó khi làm thủ tục hoàn thuế.

- Nhà thầu nước ngoài lần đầu tiên tới kinh doanh tại Việt Nam hoặc đang kinh doanh tại Việt Nam nhưng chưa được cấp mã số thuế (các Nhà thầu đang kê khai, nộp thuế thông qua các tổ chức, cá nhân Việt Nam bằng biện pháp khấu trừ thuế) phải lập hồ sơ gửi cơ quan thuế địa phương nơi đặt Văn phòng điều hành (đối với các Nhà thầu đã có văn phòng điều hành) hoặc cơ quan thuế địa phương nơi xây dựng công trình theo mẫu số 04/ĐK-TCT ban hành kèm theo Thông tư số 79/1998/TT-BTC ngày 12/6/1998 của Bộ Tài chính. Cơ quan thuế cấp mã số thuế cho các Nhà thầu nước ngoài theo quy định.

2. Đối với các Chủ dự án:

- Chủ dự án đã đăng ký mã số thuế, sử dụng mã số đó khi làm thủ tục hoàn thuế.

- Đối với các Chủ dự án mới thành lập có nhu cầu đăng ký mã số để làm thủ tục hoàn thuế, lập hồ sơ đăng ký mã số thuế với cơ quan thuế nơi đặt Văn phòng điều hành trong vòng 10 ngày kể từ khi nhận được Quyết định đầu tư của cơ quan có thẩm quyền theo đúng hướng dẫn tại Thông tư số 79/1998/TT-BTC ngày 12/6/1998 của Bộ Tài chính.

- Trường hợp Chủ dự án đã đăng ký mã số thuế nhưng uỷ quyền cho một đơn vị (Ban quản lý dự án) chịu trách nhiệm quản lý và thực hiện hạch toán riêng khoản thuế GTGT đầu vào phát sinh trong quá trình đầu tư dự án bằng nguồn vốn ODA, cơ quan thuế nơi Ban quản lý dự án đặt Văn phòng điều hành thực hiện cấp mã số thuế áp dụng đối với đơn vị phụ thuộc cho đơn vị được Chủ dự án uỷ quyền.

V. TRÌNH TỰ HOÀN THUẾ GTGT:

1. Cơ quan thực hiện việc hoàn thuế:

Cơ quan thuế địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) nơi cấp mã số thuế thực hiện việc hoàn thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này. Trường hợp công trình được chia thành nhiều gói thầu hoặc được xây dựng thuộc nhiều địa phương khác nhau và tại mỗi địa phương có Ban quản lý dự án riêng thì cơ quan thuế địa phương nơi Chủ dự án hoặc Nhà chính đặt văn phòng điều hành chính sẽ thực hiện việc hoàn thuế.

Trường hợp Chủ dự án nhập khẩu hàng hoá, vật tư và làm thủ tục ghi thu ghi chi thuế GTGT theo hướng dẫn tại Điểm 1 Mục II Thông tư này thì không thực hiện việc hoàn thuế.

2. Trình tự và thời gian hoàn thuế:

a. Đối với các dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại và các dự án được Ngân sách Nhà nước đầu tư không hoàn trả:

Sau khi nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT hợp lệ của Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính, chậm nhất trong vòng 3 ngày làm việc, Cục thuế các tỉnh, thành phố ra Quyết định hoàn thuế gửi cơ quan Kho bạc Nhà nước đồng thời gửi cơ quan quản lý tài chính của dự án. Trường hợp Nhà thầu chính thuộc đối tượng được hoàn thuế thì khi ra quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế gửi một bản Quyết định hoàn thuế cho Chủ dự án để theo dõi.

Trường hợp hồ sơ đề nghị hoàn thuế chưa đầy đủ, trong vòng 2 ngày làm việc, Cục thuế phải thông báo lý do cho Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính đề hoàn chỉnh hồ sơ.

Cơ quan Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn thuế cho Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính trong vòng 2 ngày kể từ khi nhận được quyết định hoàn thuế của cơ quan thuế.

b. Các dự án sử dụng vốn ODA dưới hình thức vay lại từ Ngân sách Nhà nước, các Nhà thầu chính thực hiện các dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại hoặc các dự án sử dụng vốn ODA được Ngân sách đầu tư không hoàn trả, nhưng không hạch toán triêng được thuế GTGT đầu vào của từng dự án thì việc khấu trừ thuế đầu vào hoặc hoàn thuế được thực hiện theo Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998 và Thông tư số 93/1999/TT-BTC ngày 28/7/1999 của Bộ Tài chính.

c. Đối với các dự án sử dụng nguồn vốn ODA không hoàn lại hoặc các dự án được Ngân sách đầu tư không hoàn trả, đã có quyết định đầu tư và đang triển khai thực hiện trước ngày Quyết định số 223/QĐ-TTg có hiệu lực thi hành, số thuế GTGT Chủ dự án hoặc các Nhà thầu chính đã trả được xử lý như sau:

- Các trường hợp đã thực hiện tính và nộp thuế GTGT theo Thông tư số 82/1999/TT-BTC ngày 30/6/1999 của Bộ Tài chính thì số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hoặc chưa khấu trừ hết được khấu trừ hoặc hoàn lại theo Thông tư này.

- Trường hợp các dự án đã được bố trí vốn đối ứng (từ năm 1999 trở về trước) cho Ngân sách địa phương hoặc Ngân sách Trung ương (Bộ, ngành) hoặc trong giá thầu đã được duyệt và ký kết hợp đồng đã có phần thuế thì Chủ dự án phải sử dụng vốn đối ứng đã được cấp để thanh toán các khoản thuế GTGT phát sinh.

- Trường hợp các dự án chưa được cấp vốn đối ứng để nộp thuế GTGT, Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính được hoàn thuế GTGT đã nộp theo quy định nêu trên. Hồ sơ hoàn thuế bổ sung thêm xác nhận của cơ quan có thẩm quyền về việc chưa cấp vốn đối ứng cho Chủ dự án để nộp thuế GTGT.

Do trước đây một số Chủ dự án và Nhà thầu nước ngoài chưa được cấp mã số thuế nên trường hợp trước đây Chủ dự án hoặc Nhà thầu nước ngoài đã thanh toán thuế GTGT nhưng trên biên lai thu thuế GTGT hàng nhập khẩu hoặc hoá đơn thanh toán không ghi mã số thuế của Chủ dự án hoặc Nhà thầu nước ngoài thì cũng được giải quyết hoàn thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này.

3. Kiểm tra, quyết toán thuế GTGT được hoàn:

Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính phải chịu trách nhiệm về tính chính xác của hồ sơ hoàn thuế. Trường hợp có nghi vấn, cơ quan thuế có quyền kiểm tra các căn cứ hoàn thuế và khi công trình hoàn thành, Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính phải quyết toán thuế với cơ quan thuế theo quy định.

VI. GHI TĂNG VỐN ĐẦU TƯ

Đối với các dự án sử dụng nguồn vốn ODA vay hoặc các dự án sử dụng nguồn vốn ODA hỗn hợp được Ngân sách đầu tư không hoàn trả, khi nhận được Quyết định hoàn thuế của cơ quan thuế, cơ quan tài chính quản lý dự án tiến hành ghi tăng vốn cấp cho Chủ dự án. Khi tính kế hoạch vốn đối ứng hàng năm theo hướng dẫn tại Thông tư Liên tịch số 06/1998/TTLT-BKH-BTC ngày 14/8/1998 của liên Bộ Tài chính và Bộ Kế hoạch và Đầu tư, các Chủ dự án không phải tính kế hoạch vốn đối ứng để nộp thuế GTGT.

VII. KHOẢN THI HÀNH

Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày Quyết định số 223/1999/QĐ-TTg ngày 7/12/1999 của Thủ tướng Chính phủ có hiệu lực thi hành và thay thế cho Thông tư số 82/1999/TT-BTC ngày 30/6/1999 của Bộ Tài chính.

Đối với các địa phương quỹ hoàn thuế GTGT không đủ để hoàn thuế cho các dự án ODA phải báo cáo Bộ Tài chính để xem xét, chỉnh theo quy định tại Quyết định số 1632/1998/QĐ-BTC ngày 17/11/1998 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Trong quá trình thực hiện nếu có gì vướng mắc, đề nghị các đơn vị phản ảnh về Bộ Tài chính để xem xét, giải quyết.