THÔNG TƯ

HƯỚNG DẪN VỀ NGHĨA VỤ THUẾ KHI DOANH NGHIỆP TRÍCH LẬP VÀ SỬ DỤNG QUỸ PHÁT TRIỂN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CỦA DOANH NGHIỆP

Căn cứ Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13 tháng 6 năm 2019;

Căn cứ Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12; Luật số 32/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp; Luật số 71/2014/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật;

Căn cứ Nghị quyết số 43/2022/QH15 ngày 11 tháng 01 năm 2022 của Quốc hội về chính sách tài khóa, tiền tệ hỗ trợ Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội;

Căn cứ Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế;

Căn cứ Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp;

Căn cứ Nghị định số 95/2014/NĐ-CP ngày 17 tháng 10 năm 2014 của Chính phủ quy định về đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động khoa học và công nghệ;

Căn cứ Nghị định số 76/2018/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2018 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Chuyển giao công nghệ;

Căn cứ Nghị định số 87/2017/NĐ-CP ngày 26 tháng 7 năm 2017 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;

Theo đề nghị của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế;

Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư hướng dẫn về nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp trích lập và sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

Điều 1. Phạm vi điều chỉnh và đối tượng áp dụng

1. Phạm vi điều chỉnh: Thông tư này hướng dẫn về nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp trích lập và sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp (sau đây gọi chung là Quỹ).

2. Đối tượng áp dụng: Các doanh nghiệp được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam (sau đây gọi chung là doanh nghiệp), các cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân khác có liên quan.

Điều 2. Trích lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp

1. Hằng năm, doanh nghiệp được trích theo tỷ lệ phần trăm (%) tính trên thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để tạo nguồn Quỹ theo quy định tại khoản 1 Điều 17 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12, khoản 1 Điều 18 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và khoản 1, khoản 2 Điều 9 Nghị định số 95/2014/NĐ-CP ngày 17/10/2014 của Chính phủ quy định về đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động khoa học và công nghệ, cụ thể:

a) Đối với doanh nghiệp nhà nước: Thực hiện trích từ 3% đến 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ tính thuế. Tỷ lệ trích cụ thể căn cứ vào khả năng và nhu cầu chi cho các hoạt động khoa học và công nghệ của doanh nghiệp;

b) Đối với các doanh nghiệp không thuộc đối tượng nêu tại điểm a khoản 1 Điều này: Doanh nghiệp tự quyết định mức trích cụ thể, nhưng tối đa không quá 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.

2. Khoản trích Quỹ được xác định theo từng kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp và được trừ vào thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ tính thuế.

Điều 3. Nguyên tắc sử dụng Quỹ

1. Quỹ chỉ được sử dụng cho hoạt động đầu tư nghiên cứu, phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp và các nội dung được phép chi Quỹ theo quy định của pháp luật.

2. Các khoản chi từ Quỹ phải có đầy đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định. Đối với khoản chi từ Quỹ không có hóa đơn, chứng từ theo quy định phải thực hiện nghĩa vụ nộp ngân sách Nhà nước theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Thông tư này.

3. Doanh nghiệp không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ tính thuế đối với các khoản chi từ Quỹ và các khoản tiền chậm nộp, tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp xác định theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 4 Thông tư này.

4. Việc sử dụng Quỹ được tính theo nguyên tắc khoản trích Quỹ trước thì sử dụng trước.

5. Trường hợp trong năm, doanh nghiệp có nhu cầu sử dụng cho hoạt động khoa học và công nghệ vượt quá số tiền hiện có tại Quỹ thì được lựa chọn tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ tính thuế hoặc trích trước Quỹ của các năm tiếp theo để bù vào số còn thiếu theo quy định tại khoản 7 Điều 10 Nghị định số 95/2014/NĐ-CP ngày 17/10/2014 của Chính phủ quy định về đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động khoa học và công nghệ.

Điều 4. Nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp sử dụng không đúng mục đích; không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% khoản trích Quỹ hằng năm

1. Nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp sử dụng Quỹ không đúng mục đích

Trường hợp doanh nghiệp sử dụng Quỹ không đúng mục đích thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách Nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích tương ứng với khoản sử dụng không đúng mục đích và tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó. Lãi suất tính tiền lãi phát sinh đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi tính trên phần Quỹ sử dụng không đúng mục đích là mức tính tiền chậm nộp theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn thi hành. Thời gian tính lãi được tính liên tục kể từ ngày tiếp theo ngày trích Quỹ đến ngày liền kề trước ngày số thuế thu hồi nộp vào ngân sách Nhà nước.

2. Nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% khoản trích Quỹ hằng năm

a) Trong thời hạn 05 (năm) năm, kể từ khi trích lập Quỹ theo quy định tại Điều 2 Thông tư này mà doanh nghiệp không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% khoản trích Quỹ hằng năm thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách Nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích nhưng không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% khoản trích Quỹ hằng năm, đồng thời phải nộp tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó. Tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp được xác định theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều này.

Trường hợp nhận điều chuyển Quỹ thì thời hạn 05 năm đối với khoản nhận điều chuyển Quỹ được xác định kể từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp nhận điều chuyển Quỹ.

b) Lãi suất tính tiền lãi phát sinh đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi tính trên phần Quỹ không sử dụng hết là lãi suất trái phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm áp dụng tại thời điểm thu hồi và thời gian tính lãi là hai năm theo quy định tại khoản 2 Điều 17 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12.

c) Số Quỹ đã sử dụng bao gồm: Số tiền Quỹ chi đúng mục đích đã được quyết toán theo quy định; số tiền đã tạm ứng và có đầy đủ hóa đơn, chứng từ nhưng chưa đủ điều kiện quyết toán để thực hiện các hoạt động của Quỹ; các khoản điều chuyển từ Quỹ của tổng công ty với doanh nghiệp thành viên, của công ty mẹ với công ty con hoặc ngược lại; và khoản tiền nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các Bộ chủ quản, tỉnh, thành phố (nếu có) theo quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ.

Việc điều chuyển giữa Quỹ của công ty mẹ, tổng công ty với Quỹ của công ty con, doanh nghiệp thành viên và ngược lại chỉ áp dụng đối với các công ty con hoặc doanh nghiệp thành viên mà công ty mẹ sở hữu 100% vốn và không bao gồm các trường hợp sau:

- Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài điều chuyển cho công ty mẹ ở nước ngoài;

- Công ty mẹ ở Việt Nam điều chuyển cho công ty con ở nước ngoài.

3. Trường hợp doanh nghiệp trích Quỹ và doanh nghiệp điều chuyển Quỹ không được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp dùng để tính số thuế thu hồi là thuế suất áp dụng cho doanh nghiệp theo từng kỳ tính thuế của doanh nghiệp khi trích lập Quỹ hoặc thời điểm điều chuyển Quỹ.

4. Việc xác định thuế thu nhập doanh nghiệp đối với trường hợp trích lập Quỹ trong thời gian doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp:

a) Trường hợp doanh nghiệp có trích Quỹ trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (áp dụng thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế), nếu doanh nghiệp sử dụng không đúng mục đích hoặc không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% đối với số Quỹ đã được trích trong thời gian doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, thì số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi được xác định theo mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm trích lập Quỹ.

b) Trường hợp doanh nghiệp có trích Quỹ trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, có nhận điều chuyển Quỹ từ doanh nghiệp khác (doanh nghiệp điều chuyến), nếu doanh nghiệp sử dụng không đúng mục đích hoặc không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% đối với số Quỹ đã trích và nhận điều chuyển, thì số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi được xác định như sau:

- Đối với số tiền trích lập Quỹ tại doanh nghiệp thì số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi được xác định theo mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm trích lập Quỹ của doanh nghiệp.

- Đối với số tiền doanh nghiệp nhận điều chuyển từ doanh nghiệp khác thì số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi được xác định như sau:

Trường hợp tại thời điểm nhận điều chuyển Quỹ, doanh nghiệp điều chuyển không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi được xác định theo mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi.

Trường hợp tại thời điểm nhận điều chuyển Quỹ, doanh nghiệp điều chuyển đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi được xác định theo mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp điều chuyển tại thời điểm điều chuyển.

Việc xác định số tiền nhận điều chuyển sử dụng không đúng mục đích, chưa sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% được phân bổ theo tỷ lệ giữa số tiền nhận điều chuyển với số Quỹ trong kỳ tính thuế (bao gồm cả số trích Quỹ và số tiền nhận điều chuyển).

5. Doanh nghiệp tự tính, tự khai, tự nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số Quỹ sử dụng không đúng mục đích, không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% và tự chịu trách nhiệm trước pháp luật theo quy định của pháp luật quản lý thuế.

Điều 5. Quản lý tài sản hình thành từ Quỹ

1. Doanh nghiệp phải lập hồ sơ tài sản cố định được hình thành từ nguồn Quỹ để theo dõi quản lý theo quy định pháp luật và không được tính khấu hao tài sản cố định vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, bao gồm các trường hợp sau:

a) Tài sản cố định hình thành để phục vụ hoạt động nghiên cứu khoa học và công nghệ của doanh nghiệp;

b) Mua máy móc, thiết bị có kèm theo các đối tượng chuyển giao công nghệ theo quy định tại Điều 7 Luật Chuyển giao công nghệ để thay thế một phần hay toàn bộ công nghệ đã, đang sử dụng bằng công nghệ khác tiên tiến hơn nhằm nâng cao năng suất, chất lượng sản phẩm hoặc cải tiến phát triển sản phẩm mới của doanh nghiệp theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 10 Nghị định số 95/2014/NĐ-CP ngày 17/10/2014 của Chính phủ quy định về đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động khoa học và công nghệ;

c) Mua máy móc, thiết bị cho đổi mới công nghệ, phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp trong 02 năm (năm 2022 và năm 2023) theo nội dung nêu tại điểm b khoản 3 Điều 3 Nghị quyết số 43/2022/QH15 ngày 11/01/2022 của Quốc hội về chính sách tài khóa, tiền tệ hỗ trợ Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội.

2. Các tài sản cố định đã được đầu tư từ nguồn Quỹ, nếu doanh nghiệp có thực hiện sửa chữa, nâng cấp thì tiếp tục sử dụng nguồn Quỹ của doanh nghiệp để chi trả.

3. Trường hợp tài sản cố định đã được hình thành từ nguồn Quỹ để phục vụ cho hoạt động nghiên cứu khoa học và công nghệ chưa hết hao mòn, nếu chuyển giao cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp thì phần giá trị còn lại của tài sản cố định tính vào thu nhập khác và phần giá trị còn lại của tài sản cố định đó được trích khấu hao, tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

4. Trường hợp tài sản cố định đã được hình thành từ nguồn Quỹ chưa hết hao mòn vừa dùng cho hoạt động nghiên cứu khoa học và công nghệ, đồng thời dùng cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp thì doanh nghiệp tiếp tục theo dõi quản lý theo quy định của Bộ Tài chính về chế độ quản lý, sử dụng và trích khấu hao tài sản cố định và không phải tính khấu hao tài sản cố định vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

5. Trường hợp tài sản cố định được hình thành từ kết quả thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ của doanh nghiệp, sau đó được chuyển giao phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp thì giá trị của tài sản cố định tính vào thu nhập khác và giá trị của tài sản cố định đó được trích khấu hao, tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

6. Trường hợp tài sản cố định được mua từ nguồn Quỹ có thực hiện điều chuyển tài sản này, thì doanh nghiệp phải xác định giá trị còn lại để điều chỉnh tăng, giảm nguồn Quỹ khi điều chuyển tài sản.

7. Đối với tài sản cố định đang sử dụng cho hoạt động sản xuất kinh doanh chuyển sang dùng cho hoạt động nghiên cứu khoa học và công nghệ, doanh nghiệp xác định giá trị còn lại của tài sản cố định để chi mua tài sản cố định từ nguồn Quỹ và theo dõi tài sản cố định theo quy định tại khoản 1 Điều này.

8. Các trường hợp thanh lý tài sản phục vụ cho hoạt động khoa học và công nghệ của doanh nghiệp thực hiện theo quy định hiện hành.

9. Các tài sản khác, doanh nghiệp phải tổ chức quản lý theo dõi theo quy định, đảm bảo sử dụng đúng mục đích.

Điều 6. Quản lý Quỹ trong trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp

1. Trường hợp doanh nghiệp có tổ chức lại doanh nghiệp mà dẫn tới hình thành một doanh nghiệp mới theo quy định pháp luật Việt Nam thì doanh nghiệp mới thành lập được kế thừa và chịu trách nhiệm về quản lý, sử dụng Quỹ của doanh nghiệp hoặc các doanh nghiệp trước khi tổ chức lại doanh nghiệp.

2. Trường hợp doanh nghiệp có tổ chức lại doanh nghiệp không thuộc các trường hợp nêu tại khoản 1 Điều này thì doanh nghiệp hoặc các doanh nghiệp sau khi tổ chức lại doanh nghiệp được kế thừa và chịu trách nhiệm về quản lý, sử dụng Quỹ của doanh nghiệp trước khi tổ chức lại doanh nghiệp. Việc phân chia Quỹ phát triển khoa học và công nghệ do (các) doanh nghiệp quyết định và thông báo với cơ quan thuế.

Điều 7. Báo cáo trích lập, điều chuyển và sử dụng Quỹ

1. Hằng năm, doanh nghiệp phải lập Báo cáo trích lập, điều chuyển và sử dụng Quỹ theo mẫu số 03-6/TNDN ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.

2. Trường hợp các doanh nghiệp có sự điều chuyển nguồn giữa các Quỹ theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 4 Thông tư này thì doanh nghiệp nhận điều chuyển phải báo cáo tình hình nhận điều chuyển và sử dụng số tiền Quỹ được điều chuyển.

3. Báo cáo trích lập, điều chuyển và sử dụng Quỹ được gửi đến cho các cơ quan theo quy định tại khoản 1, khoản 4 Điều 11 Nghị định số 95/2014/NĐ-CP ngày 17/10/2014 của Chính phủ quy định về đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động khoa học và công nghệ. Thời hạn nộp báo cáo cùng thời hạn nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm của doanh nghiệp.

Điều 8. Hiệu lực thi hành và tổ chức thực hiện

1. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 23 tháng 12 năm 2022 và áp dụng cho việc xác định nghĩa vụ thuế từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2022.

2. Bãi bỏ Điều 4, Điều 12, Điều 13, Điều 14, Điều 16, Điều 17 Thông tư liên tịch số 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC ngày 28/6/2016 của Bộ Khoa học và Công nghệ và Bộ Tài chính hướng dẫn nội dung chi và quản lý Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

3. Nội dung chi, hướng dẫn sử dụng Quỹ và nộp Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các Bộ chủ quản, tỉnh, thành phố thực hiện theo văn bản quy phạm pháp luật về khoa học và công nghệ và quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ.

4. Trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật được dẫn chiếu bởi các nội dung có liên quan quy định trong Thông tư này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế bằng các văn bản quy phạm pháp luật mới thì áp dụng theo các văn bản mới.

5. Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các tổ chức, cá nhân phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu giải quyết./.