Kính gửi: Cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Để thực hiện Thông tư số 142/1999/TT-Bộ Tài chính ngày 10/12/1999 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Quyết định số 223/1999/QĐ-TTg ngày 7/12/1999 của Thủ tướng Chính phủ về thuế giá trị gia tăng áp dụng đối với dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), Tổng cục thuế hướng dẫn Cục thuế các tỉnh, thành phố một số vấn đề sau:

1. Đối tượng được hoàn thuế GTGT:

- Đối với các dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại (kể cả phần vốn ODA không hoàn lại được tài trợ bằng Hiệp định riêng trong dự án sử dụng vốn ODA vay thuộc diện ngân sách Nhà nước đầu tư không hoàn trả và dự án sử dụng vốn ODA vay lại từ ngân sách Nhà nước); Đối tượng hoàn thuế GTGT chủ yếu là các Nhà thầu chính. Khi thanh toán các Nhà thầu phụ, Nhà cung cấp nước, các Nhà thầu chính thanh toán thanh toán bao gồm cả thuế GTGT. Số thuế GTGT Nhà thầu chính đã trả này sẽ được hoàn lại theo hướng dẫn tại Thông tư số 142/1999/TT-BTC.

Trường hợp các chủ dự án trực tiếp mua hàng hoá, dịch vụ đã trả thuế GTGT trong giá mua hàng hoá, dịch vụ cũng được hoàn lại theo hướng dẫn tại Thông tư số 142/1999/TT-BTC.

Đối với các dự án sử dụng vốn ODA vay thuộc diện ngân sách Nhà nước đầu tư không hoàn trả: Đối tượng được hoàn thuế chủ yếu là các Chủ dự án. Trường hợp trong hợp đồng giao thầu ký giữa chủ dự án và nhà thầu chính có quy định giá bao thầu không bao gồm thuế GTGT thì nhà thầu chính được hoàn lại số thuế GTGT đã trả khi nhập khẩu hoặc khi mua hàng hoá, dịch vụ của nhà thầu phụ, Nhà cung cấp trong nước để thực hiện dự án. Đối với trường hợp này khi thanh toán với chủ dự án, Nhà thầu chính không tính thuế GTGT đầu ra.

- Đối với các dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại hoặc sử dụng vốn ODA vay thuộc diện Ngân sách Nhà nước đầu tư không hoàn trả đang triển khai, khi thanh toán các phần công việc đã hoàn trả trước khi quyết định số 223/1999/QĐ-TTg có hiệu lực, Chủ dựa án hoặc Nhà thầu chính thanh toán cho các nhà cung cấp hoặc Nhà thầu phụ theo giá đã có thuế GTGT. Số thuế GTGT đã trả được hoàn lại như sau:

+ Trường hợp nhà thầu chính được miễn thuế GTGT theo Thông tư số 82/1998/TT-BTC ngày 30 tháng 06 năm 1998 của Bộ Tài chính và khi thanh toán với Chủ đầu tư, các Nhà thầu chính đã không tính thuế GTGT, thì số thuế GTGT, đầu vào Nhà thầu chính đã trả lại cho các Nhà thầu phụ sẽ được hoàn lại toàn bộ theo hướng dẫn tại Thông tư số 142/1999/TT-BTC.

+ Đối với các trường hợp Nhà thầu chính nộp thuế GTGT đầu ra tương đương với mức thuế doanh thu theo thông tư số 82/1998/TT-BTC, Nhà thầu chính được hoàn lại số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết và Chủ đầu tư được hoàn lại số đã trả cho Nhà thầu chính.

+ Đối với các trường hợp Nhà thầu chính tính và nộp thuế GTGT theo quy định của Luật thuế GTGT thì Chủ dự án được hoàn lại toàn bộ số thuế GTGT đã trả. Nhà thầu chính kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định hiện hành.

- Trường hợp các Nhà thầu chính là liên danh giữa nhiều Bên và mỗi Bên thực hiện các phần công việc riêng biệt, các bên tự phát hành hoá đơn đối với phần doanh thu thu được của mình thì từng thành viên của liên danh là đối tượng được hoàn thuế. Trường hợp các bên liên danh theo Hợp đồng phân chia thu nhập thì bên liên danh chịu trách nhiệm hạch toán chung kết quả của liên danh là đối tượng được hoàn thuế GTGT. Cục Thuế cần kiểm tra kỹ hợp đồng liên danh để xác định chính xác đối tượng được hoàn thuế, tiến hành cấp mã số thuế và thực hiện việc hoàn thuế GTGT theo quy định.

2. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT.

Hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT của các dự án sử dụng vốn ODA đã được hướng dẫn cho từng trường hợp cụ thể tại Thông tư số 142/1999/TT-BTC ngày 10 tháng 12 năm 1999 của Bộ Tài chính. Các cục Thuế cần hướng dẫn và yêu cầu về hồ sơ hoàn thuế GTGT để không làm chậm trễ việc ra quyết định hoàn thuế.

Theo hướng dẫn tại Thông tư số 142/1999/TT-BTC, các dự án ODA vay được Ngân sách đầu tư không hoàn trả là các dự án sử dụng nguồn vốn ODA vay được Ngân sách Nhà nước (Trung ương hoặc địa phương) cấp vốn đầu tư toàn bộ hoặc một phần vốn đối ứng và được ghi trong Quyết định đầu tư của cơ quan có thẩm quyền.

Trường hợp trong quyết định đầu tư không chỉ rõ nguồn vốn của dự án được sử dụng từ nguồn vốn ODA không hoàn lại hoặc nguồn vốn ODA vay được Ngân sách Nhà nước Nhà nước đầu tư không hoàn trả thì Cục thuế yêu cầu Chủ đầu tư hoặc Nhà thầu chính phải xuất trình thêm xác nhận bằng văn bản của cơ quan ra Quyết định đầu tư. Riêng đối với các dự án do Thủ tướng Chính phủ quyết định đầu tư, Bộ Tài chính (Vụ Tài chính đối ngoại) sẽ xác nhận nguồn vốn đầu tư của dự án.

Riêng đối với trường hợp đề nghị hoàn thuế GTGT đã trả trước khi Quyết định số 223/QĐ-TTg có hiệu lực, Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính cần có giải trình rõ ràng về cách tính thuế GTGT của dự án, số thuế đầu ra, đầu vào phát sinh và số thuế GTGT đề nghị hoàn lại theo hướng dẫn tại Thông tư số 142/1999/TT-BTC.

Chủ dự án và Nhà thầu chính chịu trách nhiệm về tính chính xác của hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

3. Quy trình thực hiện cấp mã số thuế và hoàn thuế GTGT:

a. Quy trình cấp mã số thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 79/1998/TT-BTC ngày 12/6/1998 của Bộ Tài chính.

b. Quy trình hoàn thuế GTGT:

Để thực hiện tốt việc hoàn thuế GTGT và đảm bảo thời hạn hoàn thuế đối với các dự án sử dụng vốn ODA theo quy định của Quyết định số 223/1999/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ và hướng dẫn của Bộ Tài chính, các cục Thuế phải tổ chức việc cấp mã số thuế và hoàn trả thuế GTGT cho các nhà thầu chính hoặc Chủ dự án, đảm bảo thời hạn hoàn thuế quy định tại Quyết định số 223/1999/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ và Thông tư hướng dẫn số 142/1999/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Ngay sau khi nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế, Cục thuế phải kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ. Trường hợp hồ sơ chưa hoàn chỉnh trong vòng 2 ngày làm việc, Cục thuế phải có văn bản thông báo cho Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính về tình trạng hồ sơ và yêu cầu cụ thể việc hoàn chỉnh hồ sơ.

Trong thời hạn 3 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ, chứng từ hợp lệ, Cục thuế phải làm xong thủ tục hoàn thuế GTGT cho Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính thuộc diện được hoàn thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 142/1999/TT-BTC của Bộ Tài chính và hướng dẫn tại công văn này.

Khi ban hành Quyết định hoàn thuế, ngoài các liên được luân chuyển như hướng dẫn tại công văn số 1497 TCT/KH ngày 19/3/1999 của Tổng cục Thuế, các Cục thuế phải gửi thêm 1 liên cho cơ quan quản lý tài chính dự án (Vụ NSNN Bộ Tài chính đối với trường hợp Ngân sách Trung ương cấp vốn đối ứng, Sở Tài chính đối với trường hợp Ngân sách Trung ương cấp vốn đối ứng) và trong trường hợp hoàn thuế cho nhà thầu chính thì gửi bổ sung 1 liên cho Chủ dự án.

Trường hợp Chủ dự án trực tiếp nhập khẩu hàng hoá thuộc diện chịu thuế GTGT, Chủ dự án có thể đề nghị được ghi thu ghi chi số thuế GTGT phải nộp cùng với thuế nhập khẩu phải nộp (nếu có). Thủ tục thực hiện ghi thu ghi chi như hướng dẫn tại công văn số 4102 TC/TCT ngày 19/8/1999 của Bộ Tài chính hướng dẫn ghi thu ghi chi thuế nhập khẩu, thuế TTĐB hàng hoá nhập khẩu cho dự án sử dụng nguồn vốn ODA. Đối với các trường hợp này, Cục thuế không phải ra quyết định hoàn thuế.

Không thực hiện hoàn thuế đối với các trường hợp Chủ đầu tư hoặc Nhà thầu chính mua hàng hoá, vật tư trong nước không có hoá đơn giá trị gia tăng hợp lệ (trừ các trường hợp không ghi mã số thuế được quy định tại Điểm 2 Mục V Thông tư số 142/1999/TT-BTC của Bộ Tài chính).

4. Kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT:

Trường hợp có nghi vấn về hồ sơ hoàn thuế hoặc có sai sót trong việc lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế của Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính, Cục thuế có quyền yêu cầu Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính xuất trình các chứng từ, hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ liên quan đến việc xác định số thuế GTGT đề nghị hoàn. Việc kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế phải được tiến hành một cách hợp lý, không được ảnh hưởng tới thời gian ra quyết định hoàn thuế.

Số thuế đầu vào đã được hoàn trả theo hướng dẫn tại Thông tư số 142/1999/TT-BTC không được khấu trừ khi tính số thuế GTGT phải nộp hàng tháng của các đối tượng nộp thuế. Cục thuế các tỉnh, thành phố phải có biện pháp phối hợp giữa các bộ phận trực thuộc để ngăn ngừa, phát hiện và xử lý kịp thời các trường hợp lợi dụng quy định hoàn thuế GTGT để chiếm đoạt tiền của Ngân sách Nhà nước.

Đối với các trường hợp đề nghị hoàn thuế GTGT phải được trả trước khi quyết định số 223/1999/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ có hiệu lực thi hành, Cục thuế tiến hành hoàn thuế theo đề nghị của Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính trên cơ sở hồ sơ hoàn thuế do Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính cung cấp. Sau khi hoàn thuế, Cục thuế chuyển hồ sơ cho Phòng Quản lý đối tượng được hoàn thuế để đối chiếu xem số thuế GTGT được hoàn trước đây Chủ dự án và Nhà thầu chính đã kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế hay chưa. Nếu trước đây số thuế đó đã được khấu trừ hoặc hoàn lại rồi thì Cục thuế ra Quyết định truy hoàn thuế và xử phạt đối tượng nộp thuế theo quy định.

5. Đối với các dự án sử dụng nguồn vốn ODA vay lại từ Ngân sách Nhà nước, các Chủ dự án phải lo vốn đối ứng để trả thuế GTGT cho các Nhà thầu, Nhà cung cấp trong nước và nộp thuế GTGT đối với hàng hoá nhập khẩu theo quy định tại Luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thực hiện. Các trường hợp thuộc diện được miễn thuế GTGT hoặc tính thuế GTGT theo mức thuế doanh thu như hướng dẫn tại điểm 4 của Thông tư số 82/1999/TT-BTC ngày 30/6/1999 của Bộ Tài chính được thực hiện đến hết ngày 10/12/1999.

Số thuế GTGT đã trả, Chủ dự án sẽ được khấu trừ hoặc hoàn lại theo hướng dẫn tại các Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998 và Thông tư số 93/1999/TT-BTC ngày 28/7/1999 của Bộ Tài chính.

6. Để các Cục thuế tiện theo dõi, triển khai việc quản lý thuế và hoàn thuế GTGT của các dự án sử dụng nguồn vốn ODA, Tổng cục Thuế gửi kèm công văn này danh mục các dự án ODA tại các địa phương tính đến ngày 01/9/1999. Cục Thuế cần chủ động liên hệ với Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh, thành phố để bổ sung danh mục các dự án được phê duyệt thời gian tiếp theo.

Trong quá trình thực hiện việc hoàn thuế GTGT cho các dự án sử dụng nguồn vốn ODA, nếu có vướng mắc, các Cục thuế báo cáo về Tổng cục Thuế để có hướng dẫn xử lý kịp thời.