Kính gửi: Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Thời gian qua Bộ Tài chính nhận được phản ánh vướng mắc của một số Cục Thuế, doanh nghiệp trong quá trình thực hiện công văn số 10492/BTC-TCT ngày 30/7/2015 về việc tăng cường công tác quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) và công văn số 13822/BTC-TCT ngày 02/10/2015 về việc quản lý đúng quy định pháp luật chi hoàn thuế GTGT. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

1. Tiêu chí xác định thuộc trường hợp ưu tiên chi hoàn thuế theo hướng dẫn tại Điểm 3 công văn số 10492/BTC-TCT và Điểm 3 công văn số 13822/BTC-TCT đề nghị thực hiện như sau:

a) Doanh nghiệp sản xuất hàng xuất khẩu là doanh nghiệp trực tiếp sản xuất, gia công hàng xuất khẩu (bao gồm cả xuất khẩu vào khu chế xuất) có doanh số sản xuất hàng hóa xuất khẩu năm trước liền kề hoặc năm hiện tại chiếm tỷ trọng từ 51% trở lên trong tổng doanh thu bán hàng hóa dịch vụ trên tờ khai thuế GTGT;

b) Tiêu chí xác định dự án quan trọng Quốc gia: căn cứ theo Luật đầu tư 2014, Nghị quyết của Quốc hội, Nghị định hướng dẫn của Chính phủ, Nghị quyết, Quyết định của Chính phủ về dự án, công trình quan trọng quốc gia;

c) Tiêu chí xác định đối với dự án đầu tư mới quan trọng trên địa bàn là dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp mới với mục đích đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa chịu thuế GTGT thuộc danh mục dự án đầu tư được UBND cấp tỉnh cho ý kiến về chủ trương đầu tư hoặc thuộc thẩm quyền phê duyệt của UBND cấp tỉnh, không bao gồm: dự án đầu tư để khai thác tài nguyên, khoáng sản; dự án đầu tư bất động sản; dự án đầu tư xây dựng trụ sở doanh nghiệp; dự án đầu tư xây dựng trung tâm thương mại hoặc tổ hợp trung tâm thương mại, nhà chung cư, văn phòng cho thuê;

d) Hoàn thuế đối với các trường hợp được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao;

đ) Hoàn thuế đối với khách nước ngoài mua hàng miễn thuế khi xuất cảnh;

e) Hoàn thuế của nhà thầu nước ngoài khi làm thủ tục giải thể, chấm dứt hoạt động đã được cơ quan thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền thực hiện thanh tra, kiểm tra;

g) Doanh nghiệp giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động đã được cơ quan thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền thực hiện thanh tra, kiểm tra;

h) Hoàn dự án ODA không hoàn lại, viện trợ nhân đạo không hoàn lại phục vụ cho các chương trình, mục tiêu được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt.

2. Sau khi thực hiện chi hoàn theo thứ tự ưu tiên tại điểm 1 công văn này và trong phạm vi dự toán hoàn thuế GTGT năm 2015 Cục Thuế thực hiện chi hoàn thuế cho trường hợp sau đây:

a) Doanh nghiệp xuất khẩu thương mại qua các cửa khẩu quốc tế (trừ các mặt hàng xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản; mặt hàng xuất khẩu có nguồn gốc nhập khẩu).

b) Cục Thuế có trách nhiệm rà soát lại các trường hợp nêu trên đã có Thông báo kết quả giám sát chi hoàn thuế GTGT của Tổng cục Thuế không thuộc ưu tiên chi hoàn thuế theo công văn 13822/BTC-TCT và chưa chi hoàn cho người nộp thuế tính đến ngày ký ban hành công văn này, gửi Tổng cục Thuế để biết, theo dõi; đồng thời Cục Thuế thực hiện chi hoàn thuế GTGT cho người nộp thuế.

3. Sửa đổi, bổ sung hướng dẫn về việc kê khai, hoàn thuế GTGT đối với chi nhánh, đơn vị hạch toán phụ thuộc của doanh nghiệp (sau đây gọi chung là chi nhánh) theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 và Điểm 9 công văn số 10492/BTC-TCT ngày 30/7/2015 như sau:

a) Doanh nghiệp trụ sở chính khi lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT (gọi là NNT đề nghị hoàn thuế) phải lập kèm theo Bảng kê số thuế còn phải nộp, còn nợ của doanh nghiệp trụ sở chính và các chi nhánh để thực hiện bù trừ đối với toàn bộ số tiền thuế còn phải nộp, còn nợ của doanh nghiệp trụ sở chính và các chi nhánh (gọi là NNT còn nợ thuế) với số thuế GTGT đủ điều kiện hoàn thuế (theo mẫu 01/NTĐNBTNT đính kèm công văn này).

Chi nhánh thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, đáp ứng đầy đủ các điều kiện về khấu trừ, hoàn thuế GTGT theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng và pháp luật về quản lý thuế phải đảm bảo hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng của hàng hóa dịch vụ mua vào để phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh và tương ứng với hàng hóa dịch vụ bán ra của chi nhánh, khi thực hiện hoàn thuế GTGT phải được doanh nghiệp trụ sở chính ủy quyền bằng văn bản theo quy định của pháp luật về việc ủy quyền cho chi nhánh được thực hiện thủ tục hoàn thuế (NNT đề nghị hoàn thuế) với cơ quan Thuế trực tiếp quản lý chi nhánh; đồng thời, chi nhánh phải gửi kèm theo Bảng kê số thuế còn phải nộp, còn nợ của doanh nghiệp trụ sở chính; các chi nhánh và đề nghị bù trừ giữa các đơn vị với số thuế GTGT đề nghị hoàn (có đóng dấu xác nhận của doanh nghiệp trụ sở chính) (theo mẫu 01/NTĐNBTNT đính kèm công văn này) để thực hiện bù trừ đối với toàn bộ số thuế còn phải nộp, còn nợ của doanh nghiệp trụ sở chính và các chi nhánh khác (gọi là NNT còn nợ thuế) với số thuế GTGT đủ điều kiện hoàn thuế.

b) Trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế, cơ quan Thuế trực tiếp quản lý NNT đề nghị hoàn thuế phải gửi văn bản cho cơ quan Thuế trực tiếp quản lý NNT có số thuế còn phải nộp, còn nợ thuế để đề nghị xác nhận tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế của NNT đó (theo mẫu số 19/QTr-KK ban hành kèm theo Quyết định số 879/QĐ-TCT ngày 15/5/2015 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế). Chậm nhất trong thời hạn 02 ngày làm việc, cơ quan thuế trực tiếp quản lý NNT có số thuế còn phải nộp, còn nợ thuế phải có văn bản xác nhận gửi cơ quan Thuế quản lý NNT đề nghị hoàn thuế (theo mẫu số 20/QTr-KK ban hành kèm theo Quyết định số 879/QĐ-TCT ngày 15/5/2015 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế); quá thời hạn trên, cơ quan Thuế trực tiếp quản lý NNT đề nghị hoàn thuế được căn cứ tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế của NNT còn nợ thuế trên Hệ thống quản lý thuế tập trung TMS để giải quyết hoàn thuế; cơ quan Thuế trực tiếp quản lý NNT có số thuế còn phải nộp, còn nợ thuế phải hoàn toàn chịu trách nhiệm về số liệu này.

c) Căn cứ văn bản xác nhận của các cơ quan Thuế trực tiếp quản lý NNT có số thuế còn phải nộp, còn nợ thuế và thông tin trên Hệ thống quản lý thuế tập trung TMS, cơ quan Thuế trực tiếp quản lý NNT đề nghị hoàn thuế thực hiện giải quyết hoàn thuế và bù trừ đối với toàn bộ số thuế còn phải nộp, còn nợ của NNT còn nợ thuế. Căn cứ Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước, cơ quan Thuế lập Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu NSNN nếu số thuế được hoàn và số thuế còn phải nộp, còn nợ được bù trừ cùng mã số thuế; trường hợp khác mã số thuế, cơ quan thuế lập Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN đối với số thuế được hoàn của NNT đề nghị hoàn thuế, đồng thời lập Lệnh thu Ngân sách Nhà nước mẫu số C1-01/NS (ban hành kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013 của Bộ Tài chính đã được sửa đổi bổ sung tại Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính) đối với khoản bù trừ cho số tiền thuế còn phải nộp, còn nợ của NNT còn nợ thuế.

4. Về chuyển hồ sơ thuộc diện hoàn trước sang kiểm tra trước khi hoàn thuế theo hướng dẫn tại  Điểm 3 công văn số 13822/BTC-TCT:

a) Hồ sơ hoàn thuế nếu thuộc một trong các trường hợp nêu tại Điểm 3 công văn số 13822/BTC-TCT thì Cục Thuế sử dụng biện pháp nghiệp vụ để chuyển sang kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

b) Trường hợp người nộp thuế đề nghị hoàn thuế mà có hồ sơ hoàn thuế trước đó có hành vi vi phạm qua thanh tra, kiểm tra phải chuyển sang kiểm tra trước khi hoàn thuế là kể từ khi hành vi vi phạm bị phát hiện đến thời điểm đề nghị hoàn thuế là trong vòng 2 năm và hành vi vi phạm của người nộp đến mức truy thu, thu hồi hoàn thuế có số tiền thuế GTGT bị truy thu, thu hồi hoàn từ 10% trở lên so với số tiền thuế GTGT đã được hoàn hoặc có số tiền thuế GTGT bị thu hồi hoàn từ 50 triệu đồng trở lên.

c) Trường hợp người nộp thuế thuộc danh sách doanh nghiệp rủi ro đã đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm 2016 của cơ quan Thuế đã được Bộ, Tổng cục phê duyệt.

5. Tổng cục Thuế có trách nhiệm thực hiện hỗ trợ, giám sát việc hoàn thuế của Cục Thuế theo đúng hướng dẫn tại Điểm 5 công văn số 13822/BTC-TCT (bao gồm tất cả các dự thảo Quyết định hoàn thuế, kể cả trường hợp Cục Thuế đã chi hết dự toán hoàn thuế đã được giao).

Thời gian giám sát hồ sơ hoàn thuế của Tổng cục Thuế không tính trong thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế của Cục Thuế.

Bộ Tài chính trả lời để Cục Thuế các tỉnh, thành phố được biết và thực hiện./.

BẢNG KÊ TÌNH HÌNH THỰC HIỆN NGHĨA VỤ THUẾ CỦA TRỤ SỞ CHÍNH, CÁC CHI NHÁNH VÀ ĐỀ NGHỊ BÙ TRỪ GIỮA CÁC ĐƠN VỊ VỚI SỐ THUẾ GTGT ĐỀ NGHỊ HOÀN
(Kèm theo Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN số... ngày... tháng... năm...)

[01] Kỳ phát sinh khoản đề nghị hoàn: từ....đến...

[2] Tên người nộp thuế (doanh nghiệp trụ sở chính): ………………………………………

[4] Tên đại lý thuế: …………………………………………………………………………………..

Đơn vị tiền: Đồng Việt Nam

I. TÌNH HÌNH THỰC HIỆN NGHĨA VỤ THUẾ:

II. ĐỀ XUẤT BÙ TRỪ GIỮA CÁC ĐƠN VỊ VỚI SỐ THUẾ GTGT ĐỀ NGHỊ HOÀN:

Tôi cam đoan số liệu khai trên là đúng và chịu trách nhiệm trước pháp luật về những số liệu đã khai./.

Ghi chú: GTGT: Giá trị gia tăng