Trả lời công văn số 96/2010/TCKT/BOT-TH ngày 01/11/2010 của Công ty cổ phần B.O.T đường tránh Thanh Hóa về việc khấu trừ, hoàn thuế GTGT, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại tiết a, khoản 2, Điều 12 Luật Thuế GTGT quy định: “Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:

a) Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu …”.

Tại 1.3, mục II phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/06/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý thuế quy định: “Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.”

Tại điểm 3, mục C Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT quy định: “Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.”

Trường hợp Công ty cổ phần B.O.T đường tránh Thanh Hóa có Chi nhánh hạch toán phụ thuộc tại tỉnh Thanh Hóa (Chi nhánh kê khai, nộp thuế GTGT riêng) nhưng toàn bộ hoạt động đầu tư xây dựng tại Thanh Hóa do Công ty ký hợp đồng, hóa đơn nhà thầu xuất cho Công ty đều mang tên và mã số thuế của Công ty thì Công ty cổ phần B.O.T đường tránh Thanh Hóa được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn này tại trụ sở chính tại Hà Nội (nếu đáp ứng điều kiện về thanh toán qua ngân hàng theo quy định) và Công ty được hoàn thuế theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty được biết.