Trả lời công văn số 115/NLTĐ ngày 03/11/2014 của Công ty CP Nhiên Liệu Tây Đô về việc thực hiện kê khai nộp thuế GTGT, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ, Khoản 4, Điều 9, Thông tư số 153/2010/TT-BTC ngày 28/9/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn về phát hành hóa đơn của tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh quy định: “Trường hợp tổ chức có các đơn vị trực thuộc, chi nhánh có sử dụng chung mẫu hóa đơn của tổ chức thì từng đơn vị trực thuộc, chi nhánh phải gửi Thông báo phát hành cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.”

Khoản 1c, Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 và khoản 1c, Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính quy định về khai thuế GTGT “Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.”

Trường hợp Công ty CP Nhiên liệu Tây Đô - Chi nhánh Kiên Giang là chi nhánh hạch toán phụ thuộc trực tiếp bán hàng, trực tiếp phát hành hóa đơn, phát sinh doanh thu bán hàng tại tỉnh Kiên Giang thì Công ty CP Nhiên liệu Tây Đô - Chi nhánh Kiên Giang thực hiện kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại Cục Thuế tỉnh Kiên Giang. Đề nghị Cục Thuế tỉnh Kiên Giang điều chỉnh lại tiền thuế nợ và tiền chậm nộp đối với số thuế vãng lai còn lại là 3.764.794.380 đồng và hướng dẫn Chi nhánh thực hiện kê khai theo đúng quy định pháp luật hiện hành ở những kỳ kê khai tiếp theo.

Đối với số thuế Công ty CP Nhiên liệu Tây Đô - Chi nhánh Kiên Giang đã kê khai, nộp thuế GTGT vãng lai theo kết luận kiểm tra của Cục Thuế tỉnh Kiên Giang là 2.118.348.942 đồng, Công ty CP Nhiên liệu Tây Đô đã kê khai khấu trừ tại Cục Thuế tỉnh Cần Thơ và đoàn kiểm tra Cục Thuế tỉnh Cần Thơ đã chấp nhận số thuế kê khai khấu trừ này. Để giảm thủ tục cho doanh nghiệp thì Công ty CP Nhiên liệu Tây Đô được đưa vào kê khai khấu trừ trên tờ khai thuế GTGT đối với số thuế GTGT vãng lai đã nộp của Chi nhánh Công ty tại Kiên Giang.