Tổng cục Thuế nhận được công văn số 6086/UBND-KT ngày 04/12/2012 của UBND tỉnh Cà Mau kiến nghị về việc kê khai và nộp thuế bảo vệ môi trường (BVMT) tại tỉnh Cà Mau. Về vấn đề này, sau khi báo cáo Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 7, Mục I, Phần B Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về điều chỉnh các khoản phải thu Ngân sách Nhà nước (NSNN) quy định:

"Trong quá trình kiểm tra đối chiếu số thu, nộp NSNN, nếu cơ quan thu phát hiện sai sót, hoặc điều chỉnh các khoản thu, nộp ngân sách khi phát hiện khoản nộp không đúng thứ tự theo quy định, không đúng mã tên mã số cơ quan thu, thì cơ quan thu lập 3 liên Giấy đề nghị điều chỉnh thu NSNN (mẫu C1-07/NS kèm theo) gửi KBNN nơi đã thu NSNN để điều chỉnh. Cơ quan thu không ghi vào phần xác nhận của cơ quan thu trên giấy đề nghị điều chỉnh;"

Theo báo cáo của Cục Thuế tỉnh Cà Mau tại công văn số 839/CT-KK-KTT ngày 07/9/2012 thì từ tháng 4/2012 đến tháng 8/2012, Tổng công ty Dầu Việt Nam giao cho Công ty Cổ phần dầu khí Mê Kông (PVOil Mê Kông) có trụ sở tại Thành phố Cần Thơ ký hợp đồng với Công ty Cổ phần Thương nghiệp Cà Mau làm tổng đại lý bao tiêu xăng dầu tại tỉnh Cà Mau. Do chưa hoàn thiện hệ thống bán hàng nên PVOil Mê Kông trực tiếp bán xăng dầu và xuất hóa đơn giá trị gia tăng cho Công ty Cổ phần Thương nghiệp Cà Mau và thực hiện kê khai, nộp thuế BVMT đối với lượng xăng dầu bán cho Công ty Cổ phần Thương nghiệp Cà Mau tại Cần Thơ.

Căn cứ quy định tại Thông tư số 128/2008/TT-BTC nêu trên và thực tế phát sinh hoạt động kinh doanh xăng dầu của PVoil Mê Kông tại Cần Thơ và Cà Mau, Tổng cục Thuế hướng dẫn việc điều chỉnh khoản thuế BVMT theo nguyên tắc sau:

- Điều chỉnh số thuế BVMT mà Công ty Cổ phần Dầu khí Mê Kông đã kê khai, nộp tại Cần Thơ về tỉnh Cà Mau đối với lượng xăng dầu Công ty Cổ phần Dầu khí Mê Kông trực tiếp bán cho Công ty Cổ phần Thương nghiệp Cà Mau từ tháng 4/2012  đến tháng 8/2012.

- Cục Thuế TP Cần Thơ chủ trì, phối hợp với Cục Thuế tỉnh Cà Mau tổ chức  làm việc với Công ty Cổ phần Dầu khí Mê Kông, Công ty Cổ phần Thương nghiệp Cà Mau để xác định cụ thể, chính xác số thuế BVMT phát sinh phải nộp tại Cà Mau theo nguyên tắc nêu trên, làm Giấy đề nghị điều chỉnh gửi Kho bạc Nhà nước TP Cần Thơ điều chỉnh theo quy định tại Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính và các văn bản hướng dẫn có liên quan.

Tổng cục Thuế thông báo để Uy ban nhân dân tỉnh Cà Mau, Cục Thuế tỉnh Cà Mau, Cục Thuế TP Cần Thơ, Công ty CP Dầu khí Mê Kông và các đơn vị liên quan biết và thực hiện. Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị ủy ban nhân dân tỉnh Cà Mau, Cục Thuế tỉnh Cà Mau, Cục Thuế TP Cần Thơ, Công ty CP Dầu khí Mê Kông và các cơ quan liên quan phản ánh kịp thời về Tổng cục Thuế để báo cáo Bộ Tài chính hướng dẫn, giải quyết kịp thời.